村委会赔偿火灾费五千元未走“四议两公开”程序，协议是否有效需分情况讨论：

1. “四议两公开”程序的性质：

   • “四议两公开”是农村基层组织在决策重大事项时的一种民主议事程序，旨在确保决策的公开、公正、民主。然而，它并非所有农村事务决策的法定必经程序，而是更多体现为一种内部管理规范或地方性规定。

2. 协议有效性的法律判断：

   • 若“四议两公开”为内部管理规范：村委会未遵循此程序与村民或第三方签订赔偿协议，并不直接导致协议无效。协议的有效性主要取决于其是否违反法律、行政法规的强制性规定，是否违背公序良俗，以及双方是否具备相应的民事行为能力且意思表示真实。在此情况下，若协议内容合法、双方自愿，则协议有效。
   • 若地方性法规或规章明确规定必须遵循“四议两公开”：且该规定具有强制性效力，那么村委会未遵循此程序签订的赔偿协议可能因违反法定程序而被认定为无效或可撤销。但这需要具体查看相关地方性法规或规章的内容。

3. 实际操作的建议：

   • 核查地方性规定：首先，应核查当地是否有关于“四议两公开”程序的具体规定，以及这些规定是否对村委会的决策程序有强制性要求。
   • 评估协议内容：其次，无论是否遵循“四议两公开”程序，都应仔细评估赔偿协议的内容，确保其合法、合理且双方自愿。
   • 寻求法律途径：若对协议的有效性有争议，建议通过法律途径解决，如向法院提起诉讼或申请仲裁，由专业机构对协议的有效性进行裁决。

4. 可能的法律后果：

   • 协议有效：若协议被认定为有效，则村委会应按照协议约定履行赔偿义务。
   • 协议无效或可撤销：若协议被认定为无效或可撤销，则村委会可能无需履行赔偿义务，但需根据具体情况承担相应的法律责任，如返还已支付的赔偿款等。

总结与建议：村委会赔偿火灾费五千元未走“四议两公开”程序，并不直接导致协议无效。协议的有效性需根据具体情况判断，包括是否违反法律、行政法规的强制性规定，以及是否遵循地方性规定等。若对协议的有效性有争议，建议通过法律途径解决。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。