结论：村干部调解下签订的协议是否有效，以及村里没有盖公章是否影响协议效力，需根据具体情况综合判断。以下是对这两个问题的详细分析：
一、村干部调解下签订的协议是否有效
调解程序与主体合法性
- 人民调解委员会主持下的调解：如果调解协议是在村民委员会或居民委员会设立的人民调解委员会的主持下达成的，并且双方当事人都签字或盖章确认，那么这份调解协议具有法律约束力。根据《中华人民共和国人民调解法》第三十一条，经人民调解委员会调解达成的调解协议，当事人应当按照约定履行。
- 村干部个人调解：如果调解协议仅仅是由村干部个人进行调解并签署的，而没有经过人民调解委员会的程序，那么这份协议本身并不直接具有法律效力。村干部只有调解的权利，调解不成时，纠纷双方仍可通过其他法律途径解决争议。
协议的有效性条件
- 行为人具备民事行为能力：签订协议的各方当事人必须能够理解协议内容并意识到自己行为的法律后果。
- 意思表示真实：协议必须是当事人真实自愿的意思表示，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。
- 不违反法律法规与公序良俗：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得侵犯他人合法权益，且应符合社会公德和善良风俗。
协议内容的合法性与公平性
- 即使调解协议是在人民调解委员会的主持下达成的，如果协议内容存在违反法律法规、显失公平、欺诈、胁迫等情形，该协议也可能被法院认定无效或可撤销。
二、村里没有盖公章是否影响协议效力
一般民事合同与商业合作协议
- 对于平等主体之间签订的一般民事合同（如个人之间的买卖合同、租赁合同）及商业合作协议，其效力主要依据《中华人民共和国民法典》的相关规定。根据该法典第四百九十条，合同自当事人均签名、盖章或按指印时成立。因此，只要协议内容合法、不违背公序良俗，且双方当事人具有相应的民事行为能力并自愿达成协议，即使没有村委会盖章，协议也是有效的。
涉及村委会职能或管理事项的协议
- 对于土地承包经营权流转等涉及村委会职能或管理事项的协议，其有效性可能受到特定法律程序和规定的影响。例如，根据《中华人民共和国农村土地承包法》，某些土地承包经营权的流转需要村委会的审核或备案。若缺少这一程序，协议可能存在瑕疵甚至被认定为无效。同样，对于涉及村集体资源或公共利益的协议，通常需要经过村委会的决策程序并盖章确认。未经此程序，协议可能因程序不合法或损害村集体及村民利益而被认定为无效。
三、建议与注意事项
- 审查协议内容：在签订任何协议之前，都应仔细审查其内容是否合法、真实，并确保双方的意思表示一致。
- 明确调解主体与程序：如果希望通过调解解决纠纷，应尽量选择人民调解委员会等合法调解主体，并遵循法定调解程序。
- 补充盖章或修订协议：如果发现协议缺少必要的盖章或存在其他瑕疵，应及时与对方沟通，补充盖章或修订协议，以避免潜在的法律风险。
- 寻求法律帮助：对于涉及重大权益的协议或调解纠纷，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
综上所述，村干部调解下签订的协议以及村里没有盖公章的协议是否有效，需根据协议的具体内容、性质以及是否遵循了相关法律程序和规定来判断。在涉及重大权益的协议中，应严格遵守相关法律规定，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。