在机动车与电动自行车发生事故且双方同等责任的情况下，若机动车定损为2000元，非机动车的赔偿金额需根据具体情况来确定。以下是从不同角度进行的分析：
一、同等责任下的赔偿原则
在交通事故中，若双方负同等责任，通常意味着各自的损失由双方各自承担50%。但这一原则并非绝对，具体赔偿还需考虑事故发生的具体情况、双方的过错程度以及保险情况等因素。
二、机动车定损2000元时的赔偿计算
若非机动车有损失：
- 假设非机动车的损失为X元，那么根据同等责任原则，机动车应承担非机动车损失的50%，即0.5X元；同时，非机动车也应承担机动车损失的50%，即1000元（2000元的50%）。
- 实际赔偿中，双方可能会进行抵扣。若0.5X元大于1000元，则非机动车需向机动车支付差额部分；若0.5X元小于1000元，则机动车需向非机动车支付差额部分（但这种情况在实际操作中较少见，因为机动车的损失通常更大）。
- 若双方损失相当，则可能相互抵消，无需实际支付。但在此案例中，我们仅知道机动车的损失，非机动车的损失未知，因此无法直接抵消。
若非机动车无损失或损失较小：
- 非机动车主要需承担机动车损失的50%，即1000元。
- 如果非机动车方有保险（如交强险或商业险），且保险条款覆盖此类情况，则可能由保险公司承担这部分赔偿。
特殊情况考虑：
- 如果非机动车驾驶人存在故意或重大过失（如闯红灯、逆行等），可能会影响赔偿比例的划分，但在此案例中未提及此类情况。
- 如果机动车或非机动车存在违法改装、超载等行为，也可能影响赔偿责任的划分。
三、实际操作中的建议
及时报警并保留证据：
- 发生事故后，应立即报警并保留现场照片、视频等证据，以便后续处理。
协商或诉讼解决：
- 双方可以尝试协商解决赔偿问题，如果协商不成，可以通过诉讼途径解决。
咨询专业律师：
- 在处理此类事故时，建议咨询专业律师以获取更准确的法律建议和帮助，而我就是专业律师，你有问题可以直接向我咨询。
综上所述，在机动车与电动自行车发生事故且双方同等责任的情况下，若机动车定损为2000元，非机动车的赔偿金额主要取决于非机动车自身的损失情况以及双方的协商结果。如果非机动车无损失或损失较小，则非机动车主要需承担机动车损失的50%，即1000元。但具体赔偿金额还需根据实际情况和法律规定来确定。