满勤奖（全勤奖）在底薪里扣，一般是不合理的，但具体是否合法需视劳动合同的约定及相关法律法规而定。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下的不合法性
底薪的性质：底薪是劳动者在正常出勤、提供正常劳动的情况下应得的基本劳动报酬，旨在保障劳动者的基本生活。它不应因劳动者的出勤情况（如是否全勤）而有所减少。
全勤奖的性质：全勤奖是对劳动者当月全勤这一额外良好出勤表现的奖励，具有奖励性质。它是对劳动者额外努力的认可，而非基本劳动报酬的一部分。
损害劳动者权益：若将全勤奖算在底薪里，可能导致劳动者在未能全勤但正常出勤时，无法获得足额的基本报酬。这种做法实际上是将全勤奖作为了底薪的一部分进行扣除，从而损害了劳动者的合法权益。
二、特殊约定下的合法性
劳动合同的约定：如果用人单位与劳动者在劳动合同中有明确约定，将全勤奖纳入底薪的构成部分，并且该约定不违反当地最低工资标准等法律法规规定，那么这种做法是合法的。例如，当地月最低工资标准是2000元，即使全勤奖算在底薪里，劳动者正常出勤拿到的底薪也不低于2000元，这种约定在法律上是被认可的。
用人单位的自主权：根据《劳动法》的规定，单位可以根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。然而，这种自主权并非无限制的，它必须在不违反法律法规的前提下行使。
三、法律建议与实践操作
明确约定：为了避免劳动争议，建议用人单位在劳动合同中明确约定底薪的构成及全勤奖的计算方式。这样，双方对薪酬结构都有清晰的认识，可以减少潜在的纠纷。
单列全勤奖：全勤奖最好与基本工资单列，以更清晰地体现员工的收入构成。这样，劳动者可以明确地看到自己的基本报酬和额外奖励，有助于增强工作的积极性和满意度。
维护权益：如果劳动者认为用人单位关于全勤奖和底薪的设置侵害了自身权益，可以与用人单位协商沟通；协商不成的，可向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结来看，满勤奖在底薪里扣一般是不合理的，但具体是否合法需根据劳动合同的约定及相关法律法规来判断。用人单位应确保其薪酬制度既符合法律规定，又能够保障劳动者的合法权益。如果劳动者对此有疑问或认为自身权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律意见和帮助。