签订补偿协议时，若协议中约定的面积与房产证面积不符，该协议并不必然违法，但可能存在法律风险或导致协议部分条款无效，具体需根据实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 协议效力与面积差异的关系

• 一般情况：若面积差异是由于测量误差、四至界定不清等客观原因导致，且双方在签订协议时已充分知晓并协商一致，则协议仍可能有效。但需注意，若差异过大，可能涉及显失公平或欺诈，受损害方有权请求撤销或变更协议。
• 特殊情况：若面积差异是由于一方故意隐瞒、虚报面积，导致另一方在违背真实意思的情况下签订协议，则该协议可能因欺诈而无效。根据《民法典》第一百四十八条，一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。

2. 面积差异的法律后果

• 补偿金额调整：若协议中约定的补偿金额与面积直接相关（如按面积计价），则面积差异可能导致补偿金额的调整。双方可协商重新确定补偿金额，或依据协议中的争议解决条款处理。
• 协议履行障碍：若面积差异导致协议无法履行（如规划调整、土地用途变更等），则双方可能需协商解除协议或承担违约责任。

3. 法律建议

• 核实面积：在签订补偿协议前，务必核实房产证面积与实际测量面积是否一致。可委托专业机构进行测量，并留存相关证据。
• 明确条款：在协议中明确约定面积差异的处理方式，如“若实际面积与房产证面积存在差异，双方同意按实际面积调整补偿金额”等。
• 保留证据：签订协议时，务必保留相关证据，如测量报告、房产证复印件、协商记录等，以备不时之需。
• 及时咨询：若发现协议中存在面积差异或其他问题，应及时咨询专业律师，评估法律风险并采取相应措施。

4. 实际案例参考

• 实践中，因面积差异引发的补偿协议纠纷屡见不鲜。例如，某拆迁项目中，开发商与被拆迁人签订的补偿协议中约定的面积大于房产证面积，后被拆迁人发现并主张调整补偿金额。法院经审理认为，双方在签订协议时均已知晓面积差异，且未提出异议，故判决维持原协议。但若被拆迁人能证明开发商存在欺诈行为，则可能获得法院支持撤销或变更协议。

总结：签订补偿协议时，面积与房产证不符并不必然违法，但需根据实际情况判断协议效力及法律后果。为避免纠纷，建议您在签订协议前充分核实面积、明确条款并保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步帮助，请随时向我咨询。