协商解除劳动合同的补偿收入高于标准补偿金计发标准的部分，其个税计算方式如下：

1. 免税额度确定：

   • 根据《财政部、税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》（财税〔2018〕164号）的规定，个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入（包括经济补偿金、生活补助费和其他补助费），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税。
   • 举例：若某地上年职工平均工资为5万元，则免税额度为15万元。

2. 应税部分计算：

   • 超出免税额度的部分，即补偿收入中超过当地上年职工平均工资3倍数额的部分，需单独适用综合所得税率表计算纳税。
   • 举例：若个人取得的补偿金为20万元，其中15万元免税，超出的5万元需单独计税。

3. 个税计算方法：

   • 对于超出免税额度的部分，不并入当年综合所得，而是单独作为一次收入，按照综合所得税率表来确定具体的税率和速算扣除数，从而计算出应缴纳的税款。
   • 计算公式：\(应纳税额 = 应税部分 \times 税率 - 速算扣除数\)
   • 税率及速算扣除数：根据应税部分的金额，查找综合所得税率表，确定对应的税率和速算扣除数。
   • 举例：假设超出的5万元对应的税率为10%，速算扣除数为2520元，则应纳税额为\(50,000元 \times 10\% - 2,520元 = 2,480元\)。

4. 特殊情况处理：

   • 若劳动者取得的一次性补偿收入数额较大，且希望降低税负，可选择按年或按月进行分摊来计税。但分摊方式需由纳税人自行决定并报主管税务机关备案，且一旦选定不得随意改变。

法律建议：

• 在协商解除劳动合同时，建议劳动者与用人单位明确补偿收入的金额及构成，以便准确计算个税。
• 对于超出免税额度的部分，劳动者应了解并合理利用税收政策，如选择合适的分摊方式，以降低税负。
• 如有任何疑问或需要进一步了解税收政策，劳动者可直接向我咨询，我将提供准确的解答和指导。