公司回购股东股权时，应当留存的证据主要包括以下几类：

1. 回购协议或相关决议：

   • 这是最直接且重要的证据，应详细记录回购的条款、条件、价格、支付方式等关键信息。
   • 如果是通过股东会或董事会决议进行的回购，决议文件也是必不可少的证据，它证明了回购行为的合法性和程序性。

2. 支付凭证：

   • 包括银行转账记录、支票、汇票等，用于证明公司已经按照回购协议或决议支付了相应的款项。
   • 支付凭证应详细记录支付时间、金额、收款人等信息，以便在需要时进行核对。

3. 股权变更登记文件：

   • 回购完成后，公司应办理股权变更登记手续，将回购的股权从原股东名下注销或过户至公司名下。
   • 股权变更登记文件是证明股权已经实际转移的重要证据，包括工商变更登记证明、股东名册更新记录等。

4. 沟通记录：

   • 在回购过程中，公司与股东之间可能会有多次沟通，包括邮件、短信、微信聊天记录等。
   • 这些沟通记录可以证明双方对回购事宜的协商过程、意见交换等，有助于在争议发生时还原事实真相。

5. 评估报告（如适用）：

   • 如果回购价格是基于股权的评估价值确定的，那么评估报告也是重要的证据之一。
   • 评估报告应由具有资质的评估机构出具，详细记录评估方法、评估过程、评估结果等信息。

6. 法律意见书（如适用）：

   • 在进行股权回购时，公司可能会聘请律师出具法律意见书，对回购行为的合法性、合规性进行审查并发表意见。
   • 法律意见书是证明回购行为符合法律法规要求的重要证据。

在留存证据时，公司应注意以下几点：

• 确保证据的完整性和真实性：所有证据应真实反映回购过程的全貌，不得有遗漏或虚假内容。
• 及时留存和整理证据：回购完成后，公司应及时整理并留存相关证据，避免因时间久远而导致证据丢失或难以查找。
• 妥善保管证据：证据应存放在安全、可靠的地方，防止因火灾、水灾等意外事件导致证据损毁。

如果公司未能留存足够的证据，可能会面临以下法律后果：

• 在发生争议时，公司可能因证据不足而无法证明自己的主张，导致败诉或承担不利的法律后果。
• 如果回购行为存在违法或违规情形，且公司无法提供充分的证据进行抗辩，可能会面临行政处罚或刑事责任。

因此，公司在进行股权回购时，务必重视证据的留存和保管工作。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。