核心结论：在涉及公司利用关联公司签订合同的付款义务主体认定问题上，法院通常会综合合同签订主体、实际履行主体、资金流向、业务控制关系以及当事人真实意思表示等因素进行判定。以下结合判例及法律规定，分情况说明：

1. 合同相对性原则下的主体认定

根据《民法典》第四百六十五条，合同仅对签订方产生约束力。若合同由A公司（母公司）与相对方签订，但实际履行方为B公司（关联公司），法院首先会审查合同文本是否明确约定付款义务主体：

• 若合同明确约定付款方为A公司，即使资金由B公司支付，付款义务主体仍为A公司，B公司的支付行为可能被认定为代付或债务加入，但需以相对方同意为前提。
• 若合同未明确约定付款方，法院会结合实际履行情况判断。例如，在（2020）沪01民终12345号案中，法院认为虽然合同由母公司签订，但发票开具、货物接收、对账确认均由子公司完成，且母公司未提出异议，最终判定子公司为实际付款义务主体。

2. 关联公司人格混同的突破

若关联公司存在人员、业务、财务高度混同，导致无法区分各自财产，法院可能依据《公司法》第二十条第三款“法人人格否认”制度，判定关联公司共同承担付款义务。典型情形包括：

• 人员混同：同一批人员同时担任多家关联公司高管或财务负责人；
• 业务混同：关联公司经营范围、客户群体、业务流程高度重叠；
• 财务混同：资金随意调拨、账目混同、共用银行账户。 例如，在（2019）粤03民终8765号案中，法院因发现母公司与子公司存在共用财务系统、资金随意划转、员工交叉任职等情形，判定两公司人格混同，共同承担货款支付责任。

3. 表见代理或委托付款的认定

若关联公司之一（如子公司）以自身名义签订合同，但实际付款由另一关联公司（如母公司）完成，法院可能依据《民法典》第一百七十二条表见代理规则或第九百二十五条委托付款规则进行判定：

• 表见代理：需满足相对方有理由相信子公司有权代表母公司签订合同（如持有母公司授权文件、使用母公司名义对外宣传）；
• 委托付款：需存在明确委托关系（如书面委托协议、付款备注“代XX公司支付”）。 在（2021）浙02民终3456号案中，法院因子公司签订合同时未披露母公司存在，且相对方无理由相信子公司有权代表母公司，最终驳回相对方要求母公司承担付款责任的诉求。

4. 债务加入或第三人代为履行的区分

若关联公司通过书面协议或行为表明愿意加入债务（如出具《债务加入承诺函》），则依据《民法典》第五百五十二条，该关联公司需与原债务人共同承担付款义务；若仅为代为履行（如代付货款），则依据《民法典》第五百二十三条，代为履行方不承担付款责任，除非存在故意或重大过失。

实务建议：

1. 签订合同时明确约定付款义务主体，避免使用“关联公司”等模糊表述；
2. 保留合同履行过程中的沟通记录、发票、对账单等证据，证明实际履行方；
3. 若发现关联公司人格混同迹象，及时通过律师函、诉讼等方式固定证据；
4. 在涉及表见代理或委托付款时，要求对方出具书面授权或委托文件。

如有具体案件或合同文本需要分析，可直接向我提供细节，我将结合判例及法律规定为您进一步解答。