针对您提出的“农村集体经济股份合作社在村改居后怎么办”的问题，这是一个涉及农村集体资产处置和股份经济合作社改革的重要议题。结合绍兴市上虞区和云和县农业农村局的相关政策答复，我可以为您详细解答如下：

一、村改居后股份经济合作社的处置方向

在村改居后，股份经济合作社的处置通常会有以下几种方向，具体取决于集体资产的情况和当地政策：

1. 彻底清算，实施终止：

   • 适用条件：拆迁后集体资产以货币资金为主，其它集体资产已全部处置完毕，集体资源（包括土地、山林、水面）已全部征用的股份经济合作社。
   • 处置方式：对集体现有资产进行彻底清算，全面清理债权债务，将股份经济合作社集体剩余资金，在提足社管人员分流等费用后，分阶段完成处置，处置完成后终止股份经济合作社。

2. 按年分配，集中管理：

   • 适用条件：拆迁后集体资产除货币资金外仍有一定数量的实物资产（包括房屋类）、资源（包括土地、山林、水面）的股份经济合作社。
   • 处置方式：继续保留股份经济合作社，对集体剩余资金和剩余资产资源经营所产生的收入，在符合章程规定分红后每年可酌情提取一定比例的资金（原则上不超过当年度货币资金余额的20%）分配到社员，以满足社员分散居住所必需的社区公共费用开支。至剩余实物资产和资源全部征用后可以作终止处置。

3. 改制企业，实施市场化运作：

   • 适用条件：拆迁后拥有优质的经营性固定资产、每年有较高且持续增长的经营性收入，集体资源（包括土地、山林、水面）已全部征用的股份经济合作社。
   • 处置方式：在提足社管人员分流等费用后，将股份经济合作社改制为有限责任公司或股份有限公司，社员转为股东，完全实施市场化运作。

二、村改居后的相关政策支持

除了上述资产处置方向外，村改居后还可能涉及以下政策支持：

1. 资金补助：

   • 对于经济较为薄弱的行政村，在村改居后，仍可申请农业农村局、财政局的项目支持，如美丽乡村共同富裕项目等。

2. 合作社干部基本报酬：

   • 村改居后，经合社干部基本报酬可能不在省级财政保障范围，但县级财政可能会列支专项资金用于保障经合社干部基本报酬，或鼓励从自谋股份经济合作社集体经济项目所产生的经营性收入中拿出一定比例奖给有功干部。

3. 保障性住房：

   • 对于符合公租房准入标准的社员，如城镇居民最低生活保障家庭、低收入或中等偏下收入住房困难家庭等，可以申请公共租赁住房保障。

三、建议与措施

1. 全面清查、核实资产：

   • 在村改居过程中，应首先对集体资产进行全面清查和核实，为后续的资产处置提供准确依据。

2. 结合当地政策制定实施方案：

   • 根据当地政策要求和集体资产情况，制定具体的实施方案，明确资产处置方向、时间节点和责任人。

3. 加强沟通与协调：

   • 在村改居过程中，应加强与政府部门的沟通与协调，确保政策落实到位，及时解决遇到的问题和困难。

4. 保障社员权益：

   • 在资产处置过程中，应充分保障社员的知情权、参与权和收益权，确保处置结果公平公正。

综上所述，农村集体经济股份合作社在村改居后的处置方向取决于集体资产的情况和当地政策。在处置过程中，应全面清查、核实资产，结合当地政策制定实施方案，加强沟通与协调，并充分保障社员权益。希望这些解答能对您有所帮助。