合同中约定超过工期扣20%总造价作为违约金，这一条款的合法性需结合具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度为您详细解析：

1. 违约金调整原则

根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以减少；约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加。

关键点：

• 合理性审查：若20%的总造价违约金显著高于实际损失（如工期延误导致的额外成本、利润损失等），法院可能根据实际损失调整违约金数额。
• 举证责任：主张违约金过高或过低的当事人需提供证据证明实际损失或预期利益。

2. 实际损失与违约金比例的关联

• 若20%违约金与实际损失相当：例如，工期延误导致发包方需支付额外租金、人工闲置费用等，且这些费用总和接近总造价的20%，则条款可能被认定为合法。
• 若20%违约金远高于实际损失：如实际损失仅为总造价的5%，但合同约定20%，则发包方可能请求法院减少违约金。

示例：

• 假设总造价为100万元，实际损失为8万元（如额外租赁设备费用）。若合同约定违约金为20万元（20%），则明显高于实际损失，法院可能调整至8万元左右。

3. 合同自由与公平原则

• 合同自由：双方有权在合同中约定违约金条款，但需遵循公平原则。
• 显失公平：若违约金条款导致一方承担过重责任，而另一方获得不当利益，可能被认定为显失公平，进而被撤销或调整。

4. 司法实践中的倾向

• 法院审查重点：法院在审查违约金条款时，会重点关注实际损失、合同履行情况、当事人过错程度等因素。
• 调整案例：实践中，法院常根据实际损失比例调整违约金，如将过高违约金降至实际损失的1.3倍至1.5倍。

法律建议

1. 审查实际损失：建议双方在签订合同时，明确工期延误可能导致的具体损失，并据此合理约定违约金比例。
2. 保留证据：若发生纠纷，需及时收集并保留实际损失的证据（如发票、合同、支付凭证等）。
3. 协商与诉讼：发生争议时，可先协商调整违约金；协商不成，可诉诸法院或仲裁机构，由其根据实际情况调整。

总结：合同中约定超过工期扣20%总造价作为违约金，其合法性取决于实际损失与违约金的比例是否合理。若比例显著失衡，法院可能根据实际损失调整违约金数额。因此，建议双方在签订合同时审慎约定违约金条款，并保留相关证据以备不时之需。如有具体案件或进一步疑问，欢迎直接向我咨询。