当公安机关在行政诉讼中败诉后，应采取一系列系统而全面的处理措施来应对这一结果，确保今后行政行为的合法性与合规性。以下是我为您详细梳理的处理步骤：

一、深入审查败诉原因

首先，公安机关需要仔细分析败诉的具体原因。这包括但不限于行政行为在程序上的瑕疵、证据收集的不完整或法律适用的错误。通过深入审查，明确败诉的关键所在，为后续整改提供方向。

二、及时制定并实施整改措施

针对审查出的问题，公安机关应迅速制定具体的整改措施。这可能涉及完善行政程序、加强证据收集与审查、提高法律文书的质量等方面。整改措施应具有可操作性和针对性，确保今后的行政行为能够严格遵循法律法规，避免类似败诉情况再次发生。

三、积极与原告沟通，化解矛盾

公安机关应主动与原告取得联系，诚恳地表达歉意，并详细解释败诉的原因。同时，积极听取原告的意见和建议，了解他们的诉求和期望。通过沟通，尽量化解矛盾纠纷，维护社会稳定和谐。

四、加强内部执法人员法律培训

败诉事件暴露出公安机关在执法过程中可能存在的法律知识不足或法律意识淡薄的问题。因此，加强内部执法人员的法律培训显得尤为重要。通过组织定期的法律培训活动，提高执法人员的法律素养和执法水平，确保他们在今后的工作中能够严格依法办事。

五、向上级报告，接受指导监督

公安机关应将行政败诉情况及时向上级公安机关报告，接受上级的指导和监督。上级公安机关可以根据实际情况提供具体的指导和建议，帮助公安机关改进工作。同时，上级公安机关也可以对相关责任人员进行问责，以起到警示作用。

六、考虑上诉或接受判决并执行

如果公安机关认为一审判决存在错误或不当之处，可以在法定期限内向上级人民法院提起上诉。然而，如果经过审慎考虑后认为上诉无望或接受判决更为合适，那么公安机关应尊重法院的判决，并积极履行判决所确定的义务。

七、建立长效机制，预防类似事件

除了上述具体措施外，公安机关还应建立长效机制来预防类似败诉事件的发生。这包括完善内部监督机制、加强执法规范化建设、提高执法透明度等方面。通过这些措施的实施，确保公安机关的行政行为始终在法治轨道上运行。

综上所述，公安机关在行政诉讼败诉后应采取一系列全面而系统的处理措施来应对这一结果。通过深入审查败诉原因、及时整改、与原告沟通、加强内部培训、向上级报告以及考虑上诉或接受判决并执行等步骤的实施，确保公安机关的行政行为合法合规，维护社会稳定和谐。