通过电话或者微信商定的协议，在符合法律规定的情况下，是有效的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、协议的有效性基础

1. 意思表示真实：无论是通过电话还是微信商定的协议，只要双方的意思表示真实，即双方都明确表达了愿意受协议约束的意思，那么该协议就具备了有效性的基础。

2. 内容合法：协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗。如果协议内容违法或违背公序良俗，那么该协议将被视为无效。

3. 形式要求：虽然电话和微信商定的协议属于口头协议或电子协议，但根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，口头协议和电子协议在符合一定条件下也是具有法律效力的。特别是当双方通过微信等电子方式固定了协议的关键条款，如工程内容、价款、支付方式等，这些条款将作为证明协议存在和内容的重要依据。

二、不同沟通方式下的协议效力

1. 电话商定的协议：

   • 电话商定的协议属于口头协议。在双方意思表示真实且内容合法的情况下，口头协议是有效的。
   • 但口头协议存在举证困难的问题。一旦发生争议，双方可能难以提供充分的证据来证明协议的存在和内容。因此，对于重要的交易或大额的交易，建议采用书面形式来固定协议。

2. 微信商定的协议：

   • 微信商定的协议可以视为电子协议。当双方通过微信对协议的关键条款进行了明确协商，并通过微信转账、聊天记录等方式固定了这些条款时，该协议将具备较高的证明力。
   • 微信聊天记录、转账记录等电子数据可以作为证明协议存在和内容的证据。在发生争议时，这些电子数据将有助于法院或仲裁机构查明事实真相。

三、法律建议与风险提示

1. 固定关键条款：无论通过电话还是微信商定协议，都建议双方通过聊天记录、转账备注等方式固定协议的关键条款。这将有助于在发生争议时提供充分的证据来证明协议的存在和内容。

2. 采用书面形式：对于重要的交易或大额的交易，建议采用书面形式来固定协议。书面协议具有更高的证明力和稳定性，能够更好地保护双方的权益。

3. 诚实守信履行义务：无论交易形式如何创新，一旦达成协议，双方就应当诚实守信地履行义务。避免因为违约行为而引发不必要的法律风险。

举例说明：在江西省萍乡市湘东区人民法院审结的一起装饰装修合同纠纷案中，双方通过微信语音对装饰工程的具体事项进行了细致协商，并通过微信转账定金、确认工程总价等方式固定了协议的关键条款。最终，法院认定双方口头达成的装饰装修合同合法有效，并判决被告支付剩余的工程款。这个案例充分说明了通过微信商定的协议在符合法律规定的情况下是有效的。