结论：贷款10万扣除1万多的服务费，且月利息每月还一千，还款三年的情况是否合法，需从服务费合理性、利息合法性以及整体贷款成本是否超出法定上限三个角度进行综合分析。

一、服务费合理性

1. 服务费定义与收取主体：

   • 贷款服务费是指办理贷款业务时收取的费用，一般由银行或帮助办理贷款业务的第三方收取。
   • 收费标准因地区和服务内容而异，没有统一的法定标准。

2. 服务费合法性判断：

   • 单纯从服务费本身来看，只要收取方明确告知了服务费的存在和金额，且借款人同意支付，那么收取服务费是合法的。
   • 但服务费金额应当合理，不应过高。1万多的服务费相对于10万的贷款本金，比例较高，是否合理需结合市场行情和具体服务内容来判断。

3. 建议：

   • 借款人在签订贷款合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于服务费的条款，确保自己了解并同意支付该费用。
   • 如认为服务费过高，可与贷款方协商降低或寻求其他贷款渠道。

二、利息合法性

1. 利息计算方式：

   • 月利息每月还一千，意味着年利息为12000元。
   • 相对于10万的贷款本金，年利率为12%（12000/100000）。

2. 利息合法性判断：

   • 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，借贷双方约定的利率未超过合同成立时一年期贷款市场报价利率四倍的，出借人请求借款人按照约定的利率支付利息的，人民法院应予支持。
   • 当前一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍通常远高于12%，因此从利息角度来看，该贷款是合法的。

3. 建议：

   • 借款人应了解并比较不同贷款产品的利率，选择利率合理的贷款产品。
   • 如认为利率过高，可与贷款方协商降低或寻求其他贷款渠道。

三、整体贷款成本是否超出法定上限

1. 整体贷款成本计算：

   • 整体贷款成本包括本金、利息和服务费。
   • 在本例中，整体贷款成本为10万（本金）+ 12000*3（三年利息）+ 1万多（服务费）= 约14.6万至15万多（具体取决于服务费的确切金额）。

2. 法定上限判断：

   • 我国法律并未对贷款的整体成本设定具体的上限，但要求借贷双方约定的利率和费用应当合理。
   • 如整体贷款成本过高，可能构成高利贷或不合理收费，借款人可依法维权。

3. 建议：

   • 借款人在签订贷款合同时，应计算整体贷款成本，确保自己能够承担。
   • 如认为整体贷款成本过高，可与贷款方协商降低或寻求法律援助。

总结与建议：从服务费、利息和整体贷款成本三个角度来看，该贷款情况是否合法需结合具体情况来判断。建议借款人在签订贷款合同时仔细阅读合同条款，了解并同意所有费用；如认为费用过高或不合理，可与贷款方协商或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。