关于您提出的小区高层与别墅分开管理是否合法的问题，这需要根据具体的法律法规和实际情况来综合判断。以下是我为您提供的详细分析：

首先，从法律法规的角度来看，我国《民法典》第二百七十一条明确规定了业主的建筑物区分所有权。这意味着，业主对专有部分以外的共有部分，如小区内的道路、绿地、公共场所和公用设施等，享有占有、使用和收益的权利。如果物业公司在未经过业主委员会或业主大会同意的情况下，私自将高层与别墅间的通道封闭，导致高层业主无法自由通行或使用小区的公共资源，那么这种行为很可能侵犯了高层业主的建筑物区分所有权。

其次，从实际案例的角度来看，重庆巴南区人民法院曾审理过一起类似案件。在该案中，物业公司为了方便管理，将小区别墅与高层间的两道铁艺门（本为消防门）关闭，导致高层业主无法从原定路线通行。法院经审理认为，物业公司的行为损害了高层业主的共有权，特别是关闭消防门还直接影响了业主在紧急情况下的安全处置，因此判决物业公司限期打开铁艺门。这一案例表明，物业公司在未获得合法授权的情况下，不得擅自改变小区的共有部分布局或限制业主的通行权利。

最后，从公平原则和邻里关系的角度来看，高层和别墅的业主们可能在长期的共同生活交往过程中已形成和谐友爱的邻里关系。如果物业公司将小区内部别墅与高层之间的通道关闭，可能会加深高层业主与别墅业主之间的矛盾与隔阂，不利于建设和睦融洽的邻里关系。因此，物业公司在管理小区时，应充分考虑业主的合法权益和邻里关系的和谐稳定。

综上所述，小区高层与别墅分开管理是否合法，取决于物业公司的行为是否侵犯了业主的建筑物区分所有权、是否违反了相关法律法规以及是否破坏了邻里关系的和谐稳定。如果物业公司的行为存在上述问题，那么这种分开管理的做法很可能是不合法的。建议您在遇到类似情况时，及时与物业公司沟通协商，或向相关部门投诉举报以维护自己的合法权益。