将别墅隔成单间出租，在大多数情况下是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
法规依据：
- 根据《商品房屋租赁管理办法》第六条，属于违法建筑、不符合安全防灾等工程建设强制性标准、违反规定改变房屋使用性质以及法律法规禁止出租的其他情形的房屋，不得出租。
- 第八条进一步规定，出租住房的，应当以原设计的房间为最小出租单位，人均租住建筑面积不得低于当地人民政府规定的最低标准。厨房、卫生间、阳台和地下储藏室不得出租供人员居住。
违法情形：
- 改变房屋结构：若别墅被隔成单间出租时，涉及对承重墙、梁柱等主体结构的拆除或改动，将严重影响建筑物的稳定性和安全性，属于违法行为。
- 居住空间过小：如果隔成单间后，人均租住建筑面积低于当地规定的最低标准，将影响承租人的生活质量和安全，同样违法。
- 非居住空间出租：将厨房、卫生间、阳台等非居住空间隔断后出租供人居住，存在安全和健康隐患，也是违法的。
法律后果：
- 根据《商品房屋租赁管理办法》第二十二条，违反第八条规定的，由直辖市、市、县人民政府建设（房地产）主管部门责令限期改正，逾期不改正的，可处以五千元以上三万元以下罚款。
建议：
- 在进行房屋分隔和出租前，出租人应充分了解并遵守当地的法律法规、建筑安全标准、租赁规定以及消防要求。
- 若需进行房屋改造，应确保改造后的房屋保持建筑结构安全，每个隔间具备基本的居住条件，并满足消防安全要求。
- 出租人应办理房屋租赁备案手续，确保租赁合同的合法性，并遵循当地关于房屋租赁的其他相关法律法规。
综上所述，将别墅隔成单间出租在大多数情况下是不合法的，可能面临法律后果。建议出租人在进行房屋分隔和出租前，务必遵守相关法律法规和安全标准，以确保自己的改造和出租行为完全合法。