在单位犯罪案件中，若公司发生合并或分立，被告的确定需根据具体情况来判断：
单位合并的情况：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第六十三条，以及刑事诉讼中的相关原则，当企业法人合并时，因合并前的民事活动（包括犯罪行为）发生的纠纷，应以合并后的企业为当事人。这意味着，在单位合并后，新的企业法人将承担原单位在合并前的法律责任，包括刑事责任。因此，在单位合并的情况下，应以合并后的单位为被告。
单位分立的情况：
- 同样依据上述司法解释，当企业法人分立时，因分立前的民事活动发生的纠纷，应以分立后的企业为共同诉讼人。在刑事诉讼中，这通常意味着分立后的各个企业法人将共同承担原单位在分立前的法律责任。因此，在单位分立的情况下，应以分立后的单位为共同被告。
法律背景与建议：
- 法律背景：单位合并与分立是商业活动中常见的现象，但它们对法律责任的承担有着重要影响。在合并或分立过程中，原单位的法律责任并不会因此而消失，而是会由合并后的单位或分立后的单位共同承担。这是为了保护债权人的利益，确保法律责任的连续性和可追溯性。
- 法律建议：对于涉及单位合并或分立的公司而言，在合并或分立过程中，应仔细审查原单位的法律责任和潜在风险，确保合并或分立后的单位能够妥善承担这些责任。同时，对于债权人或其他利益相关方而言，在发现单位合并或分立后，应及时了解相关情况，确保自己的权益不受损害。
可能的法律后果：
- 如果在单位合并或分立过程中，未妥善处理原单位的法律责任，可能会导致合并后的单位或分立后的单位承担不必要的法律风险。例如，如果原单位存在未了结的刑事案件，而合并或分立后的单位未被正确列为被告，可能会影响案件的公正审理和判决的执行。
具体操作：
- 在实际操作中，如果涉及单位合并或分立的刑事案件正在审理中，法院会根据具体情况来确定被告。通常，法院会要求提供合并或分立的相关文件，以证明合并或分立的事实，并据此确定被告。因此，相关单位应妥善保管这些文件，并在需要时及时提供给法院。
综上所述，在单位犯罪案件中，若公司发生合并或分立，被告的确定需根据合并或分立的具体情况来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。