公司被恶意举报遭到调查时，应当积极配合调查，同时采取措施保护公司合法权益，并寻求法律救济。具体分析如下：

一. 积极配合调查

1. 了解调查内容：首先，公司需要详细了解调查的具体内容、举报的具体事项以及调查机关的要求。这有助于公司有针对性地准备相关材料和证据。
2. 提供必要材料：根据调查机关的要求，及时、准确、完整地提供相关文件和资料。这包括但不限于公司财务报表、业务合同、内部管理制度等。
3. 配合调查询问：对于调查机关的询问，公司应当如实回答，不得隐瞒或提供虚假信息。同时，公司也可以主动向调查机关说明情况，澄清误解。

二. 保护公司合法权益

1. 保留证据：公司应当妥善保留与举报事项相关的所有证据，包括但不限于电子邮件、聊天记录、文件记录等。这些证据可能在后续的法律程序中发挥重要作用。
2. 防范恶意攻击：对于恶意举报，公司需要采取措施防范可能的恶意攻击，如加强网络安全防护、提高员工法律意识等。

三. 寻求法律救济

1. 申诉与复议：如果公司认为调查机关的处理决定存在错误或不当之处，可以依法向相关机关提出申诉或复议申请。
2. 提起诉讼：在符合法定条件的情况下，公司可以向人民法院提起诉讼，维护自身合法权益。例如，如果恶意举报导致公司名誉受损或经济损失，公司可以依法追究举报人的法律责任。

我建议：公司在面对恶意举报时，应当保持冷静，积极应对。同时，加强内部管理，规范公司行为，降低被举报的风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。