房屋征收与安置补偿使用两个文件是否合法，需结合具体情况判断，但核心在于文件内容及程序是否符合法律规定。以下从不同角度进行分析：

1. 文件内容合法性

• 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》及《国有土地上房屋征收与补偿条例》，征收补偿方案需明确补偿标准、方式及程序，且必须基于市场价值评估，确保被征收人权益不受损。
• 文件内容要求：若两个文件分别涉及不同环节（如一个为征收决定，另一个为补偿安置细则），且内容均符合法律规定的补偿标准（如房屋价值补偿、搬迁安置费、停产停业损失等），则合法。但若文件内容冲突或低于法定标准，则不合法。

2. 程序合法性

• 法定程序：征收需严格遵循法定程序，包括预公告、调查登记、听证告知、拟定补偿方案、公告方案、签订补偿协议等。若两个文件分别对应不同程序阶段（如一个为预公告，另一个为最终补偿方案），且程序均合法，则合法。
• 程序瑕疵：若文件未经过听证、公告等法定程序，或程序顺序颠倒，则可能因程序违法导致文件无效。

3. 文件效力与适用

• 文件效力：若两个文件均由有权机关制定（如市、县级人民政府），且未被撤销或宣告无效，则具有法律效力。但若后文件与前文件冲突，通常以时间在后的文件为准。
• 适用范围：若文件适用范围明确（如一个针对住宅，另一个针对商业用房），且无交叉或矛盾，则合法。若适用范围重叠导致补偿标准不一，则可能引发争议。

4. 实践中的合法性判断

• 案例参考：实践中，政府可能分阶段出台文件（如先出台征收决定，后出台补偿细则），只要内容合法、程序合规，通常被认可。但若文件内容模糊、补偿标准不明确，或未充分听取被征收人意见，则可能被认定为违法。
• 透明度要求：补偿方案需公示并听取公众意见，若两个文件均未公示或未征求意见，则可能因缺乏透明度而被质疑合法性。

法律建议

1. 核查文件内容：确认两个文件是否明确补偿标准、方式及程序，且是否符合市场价值评估原则。
2. 核查程序合规性：确认文件是否经过法定程序（如听证、公告），且程序顺序是否正确。
3. 咨询专业意见：若对文件合法性存疑，建议及时咨询律师，通过行政复议或诉讼途径维护权益。

总结：房屋征收与安置补偿使用两个文件本身不违法，但需确保文件内容合法、程序合规，且无冲突或矛盾。若文件内容或程序存在瑕疵，可能影响其合法性。如有疑问，可直接向我咨询具体法律问题。