行政处罚办案时间90天，被处罚单位申请整改延期的时间一般不算在这90天的办案时间内，但具体情况需结合案件实际与法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、办案期限的一般规定
根据《中华人民共和国行政处罚法》第六十条，行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。这一规定为行政处罚案件的一般办案期限，旨在确保行政机关高效、及时地处理案件，维护社会秩序和公共利益。
二、办案期限的延长与特殊情况
延长情形：
- 若案情复杂，不能在规定期限内作出处理决定的，经行政机关负责人批准，可以延长三十日。这是法律对特殊案件的灵活处理，允许行政机关在必要时延长办案期限，以确保案件处理的准确性和公正性。
- 案情特别复杂或者有其他特殊情况，经延期仍不能作出处理决定的，应当由行政机关有关会议集体讨论决定是否继续延期，且继续延长期限不得超过三十日。
不计入办案期限的时间：
- 案件办理过程中，听证、公告、鉴定、认定、送达等时间不计入办案期限。这些时间属于案件处理过程中的必要环节，但因其特殊性，不计入总的办案期限内。
- 若被处罚单位申请整改延期的时间属于上述不计入办案期限的情形（如鉴定、评估等），则该时间不计入90天的办案时间。但若整改延期时间并不属于这些法定不计入期限的情形，而是由于被处罚单位自身原因导致的延期，则该时间可能会被计入办案期限，或至少会影响办案期限的计算，具体需根据实际情况和行政机关的判断。
三、被处罚单位申请整改延期的处理
- 被处罚单位在接到行政处罚决定后，若认为需要更多时间进行整改，可以向行政机关提出申请延期整改。但这一申请并不直接决定办案期限的延长。
- 行政机关会根据案件的实际情况、被处罚单位的整改情况以及法律法规的规定，来决定是否批准延期整改以及延期的期限。
- 若行政机关批准了延期整改，并且该延期时间属于法定不计入办案期限的情形，则该时间不会计入90天的办案时间。反之，若不属于这些情形，则可能会对办案期限产生影响。
四、实际操作中的建议
- 及时沟通：被处罚单位在申请整改延期时，应及时与行政机关沟通，明确延期的理由和期限，以便行政机关做出合理的判断。
- 保留证据：被处罚单位应保留好与整改延期相关的所有证据和文件，以备在需要时进行证明。
- 遵守法律法规：无论是否获得延期整改的批准，被处罚单位都应严格遵守法律法规的规定，按时完成整改工作。
举例说明：假设某企业因环境污染被行政机关处罚，并要求在90天内完成整改。若该企业在整改过程中遇到技术难题，需要额外时间进行鉴定和评估，且这些时间属于法定不计入办案期限的情形，则该企业申请的整改延期时间不会计入90天的办案时间。反之，若延期是由于企业自身管理不善导致的，则可能会对办案期限产生影响。
综上所述，行政处罚办案时间90天，被处罚单位申请整改延期的时间是否算在这90天内，需结合案件实际与法律规定综合判断。若您在此方面遇到具体问题，欢迎直接向我咨询。