医院将死亡证明交给死者妹妹，这一行为是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：

1. 法定继承人顺序与死亡证明领取

根据《中华人民共和国民法典》中关于继承的规定，配偶、子女、父母为第一顺序继承人，兄弟姐妹为第二顺序继承人。在一般情况下，死亡证明应由第一顺序继承人领取。若死者有配偶、子女或父母在世，且他们未明确表示放弃领取死亡证明的权利，医院将死亡证明交给妹妹（第二顺序继承人）可能存在程序上的瑕疵。

例外情况：若死者无第一顺序继承人，或第一顺序继承人明确表示放弃领取死亡证明，且妹妹作为第二顺序继承人被指定为领取人，则医院的行为是合法的。

2. 医院操作规范与程序要求

医院在发放死亡证明时，通常需要遵循一定的程序和规范。这包括核实领取人的身份、与死者的关系，以及确认领取人是否有权领取死亡证明。若医院在发放过程中未严格履行这些程序，如未核实妹妹的身份或未确认其领取资格，则可能构成操作上的不当。

建议：医院在发放死亡证明时，应要求领取人提供有效的身份证明、与死者的关系证明，以及可能的授权委托书（若领取人非死者本人或第一顺序继承人）。

3. 潜在法律后果与纠纷解决

若医院将死亡证明交给妹妹的行为被认为不合法，可能引发一系列法律后果。例如，第一顺序继承人可能对此提出异议，要求医院重新发放死亡证明或承担相应的法律责任。此外，若因死亡证明的领取问题导致遗产分配、保险理赔等后续事宜受阻，相关方也可能追究医院的责任。

纠纷解决途径：若发生此类纠纷，相关方可以通过协商、调解或诉讼等方式解决。在诉讼过程中，法院将根据具体情况判断医院的行为是否合法，并作出相应的裁决。

4. 实际操作中的建议

• 对于医院：在发放死亡证明时，应严格遵循相关程序和规范，核实领取人的身份和资格，避免因操作不当而引发纠纷。
• 对于死者家属：若对死亡证明的领取有异议，应及时与医院沟通并协商解决。若协商无果，可以寻求法律援助或通过诉讼途径维护自身权益。

总结：医院将死亡证明交给死者妹妹的行为是否合法，需根据具体情况判断。若存在程序上的瑕疵或不符合法定继承人顺序，则可能构成不合法。有问题可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。