结论：干会所辞职了扣违约金是否合法，需根据具体情况判断。一般情况下，公司无故因员工辞职而扣违约金是不合法的；但在特定情况下，如员工违反服务期约定或竞业限制约定等，公司有权依法要求员工支付违约金。
一、不合法的情况
公司无故扣违约金：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，除法定情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。如果公司仅仅因为员工辞职就扣违约金，没有合理依据和法律规定，这种做法是违法的。
公司违法设定违约金条款：
- 如果公司在劳动合同或规章制度中违法设定了违约金条款，如未提供专项培训费用却约定服务期违约金，或未签订竞业限制协议却约定竞业限制违约金等，这些条款都是无效的，公司因此扣违约金也是不合法的。
二、合法的情况
员工违反服务期约定：
- 当用人单位为劳动者提供专项培训费用，并进行专业技术培训，同时与劳动者约定了服务期时，若劳动者在服务期未满时辞职，用人单位可以要求劳动者按约定支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
员工违反竞业限制约定：
- 若员工与公司签订了竞业限制协议，在离职后违反该约定，到与原单位有竞争关系的其他单位工作或自己开业从事同类业务，公司有权要求员工支付违约金。
三、员工权益保护
- 如果公司无正当理由扣除了员工的违约金，员工可以通过以下途径维护自己的权益：
- 首先尝试与公司协商解决，要求返还被扣款项。
- 向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门调查并处理。
- 如果问题仍未解决，员工可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，要求公司支付被扣除的违约金及相应的赔偿。
四、特别提醒
- 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于违约金的部分，确保自己了解并同意相关约定。
- 如果公司提出扣违约金的要求，员工有权要求公司出示相关法律依据和合同条款，以确认扣违约金的合法性。
- 在遇到不法行为时，员工应及时采取措施维护自身权益，避免损失扩大。
综上所述，干会所辞职了扣违约金是否合法需根据具体情况判断。员工应了解自己的合法权益，并在遇到不法行为时及时采取措施维护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。