旷工三天，公司应当开具离职证明，但具体离职原因可能会在证明中注明。以下是对此问题的详细分析：

一、法律层面分析

1. 离职证明的义务：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者解除或者终止劳动合同时，应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，即离职证明。这是用人单位的法定义务，无论劳动者因何种原因离职，用人单位都应当履行。

2. 旷工与离职证明的关系：

   • 旷工三天被视为自动离职，但这并不影响用人单位开具离职证明的义务。离职证明的主要目的是证明劳动者与用人单位之间劳动关系的终止情况，而非对劳动者离职原因的评判。因此，即使劳动者因旷工被解除劳动合同，用人单位也应当为其开具离职证明。

二、公司规章制度与劳动合同的影响

1. 公司规章制度：

   • 如果公司规章制度中明确规定了旷工三天属于严重违反规章制度的行为，并且该规章制度已经过民主程序制定且向劳动者公示，那么公司可以依据此规定解除劳动合同，并要求劳动者办理离职手续。但即便如此，公司仍需为劳动者开具离职证明。

2. 劳动合同：

   • 劳动合同中可能也会对旷工行为进行约定。如果劳动合同中明确规定了旷工三天即视为自动离职，且这些规定不违反法律法规，那么公司可以依据此约定直接办理离职手续，并开具离职证明。但同样，离职证明的内容应当客观、真实，不得歪曲或隐瞒事实。

三、实际操作中的注意事项

1. 离职证明的内容：

   • 离职证明应当包含劳动者的姓名、性别、身份证号码、入职日期、离职日期、离职原因等基本信息，并加盖公司公章以示确认。对于因旷工被解除劳动合同的劳动者，公司可能会在离职证明中注明“因连续旷工三天，根据公司规章制度视为自动离职”等字样。

2. 劳动者的权益保护：

   • 如果公司拒绝为劳动者开具离职证明或故意拖延，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。离职证明对于劳动者后续求职、办理社保转移等事宜至关重要，因此劳动者应当积极维护自己的这一权益。

四、建议与提醒

• 对于劳动者：在旷工后，应当主动与公司沟通，了解离职手续的具体流程和要求，并积极配合办理。同时，也要关注自己的离职证明是否及时、准确开具，以便后续求职和办理相关手续。
• 对于用人单位：应当严格遵守法律法规和公司规章制度，在解除与劳动者的劳动合同时，及时为其开具离职证明，并确保证明内容的客观、真实。这不仅是用人单位的法定义务，也是维护企业形象和信誉的重要举措。