针对您提出的“合同协议书修改后原件怎么办”的问题，这是一个涉及合同管理和法律效力的关键环节。以下是我为您提供的详细解答：
一、合同修改后的法律效力
首先，需要明确的是，合同一旦经过双方协商并修改，其法律效力将依据新修改的内容来确定。若新合同已明确替代原合同，并且双方均认可新合同的内容，那么原合同在法律上通常会被视为已失效。但这并不意味着原合同可以随意丢弃或忽视，因为它可能仍包含有重要的历史信息或参考价值。
二、原合同的处理方式
部分条款修改：
- 如果仅对原合同的部分条款进行了修改，那么未修改的部分仍然有效。
- 在这种情况下，建议双方签订一份补充协议，明确变更的内容，并将这份补充协议与原合同一同保存。这样既能确保合同的连续性，又能为未来可能的查询或审计提供完整的记录。
全部内容修改：
- 如果对原合同的全部内容进行了修改，这相当于重新订立了一份合同。
- 在新合同中，应明确注明原合同作废，以避免任何可能的法律纠纷。
- 同时，原合同作为双方交易历史的证据，应被妥善保管。可以将其存档于公司文件管理系统或个人资料夹中，以备后续查阅。
涉及第三方权益：
- 如果原合同涉及第三方权益，并且第三方需要知晓合同的变更情况，那么可能需要向第三方提供修改后的合同，并说明原合同的相关变更情况。
- 在这种情况下，务必妥善留存与第三方沟通该事项的记录，以证明双方已就合同变更进行了充分的沟通和确认。
三、建议与注意事项
- 妥善保管：无论哪种修改方式，都建议将原合同进行妥善保管。这不仅能满足当前合同关系的准确呈现，还能为未来可能的查询、审计等工作提供可靠依据。
- 记录修改过程：为了证明合同修改是双方的真实意愿，建议使用邮件沟通、会议纪要等方式记录合同修改的过程。这些记录在未来的法律纠纷中可能起到关键作用。
- 法律咨询：如果您对合同修改后的法律效力或原合同的处理方式有任何疑问，建议咨询专业的法律人士。他们能为您提供更具体、更专业的建议。
综上所述，合同协议书修改后原件的处理方式需根据具体情况而定。但无论如何处理，都应确保合同的连续性和法律效力的准确性，同时为未来可能的查询或审计提供完整的记录。希望这些建议能对您有所帮助。