若“小三”和原配达成协议后进行了赔偿，但男方不同意该协议，处理方式需分情况讨论：
若协议内容涉及男方权益且未经其同意：
- 法律分析：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同或协议的成立需基于双方真实意思表示，且不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。若“小三”与原配达成的协议涉及男方的财产权益、人身权益等，而男方并未参与协议的签订，也未对该协议表示同意，则该协议对男方不产生法律效力。
- 建议：在此情况下，若“小三”或原配希望协议能够得到执行，应重新与男方进行协商，达成三方均同意的协议。若协商不成，任何一方均不得强制要求男方履行该协议。
若协议内容不涉及男方权益或男方事后追认：
- 法律分析：若“小三”与原配达成的协议内容仅涉及双方之间的权益分配，如“小三”向原配支付一定金额作为补偿，且该协议并不涉及男方的财产或人身权益，或者男方事后对该协议表示了追认，则该协议在“小三”与原配之间具有法律效力。但即便如此，若男方不同意该协议中的某些条款（尤其是涉及他可能需要承担的责任或义务），且这些条款并未得到男方的明确同意，则这些条款对男方不产生约束力。
- 建议：在此情况下，若原配或“小三”希望协议能够全面执行，应确保协议内容不侵犯男方的合法权益，并尽可能获得男方的书面同意或追认。若男方坚持不同意，且协议内容确实涉及男方权益，则双方可能需要通过法律途径解决争议。
若协议存在欺诈、胁迫等情形：
- 法律分析：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，若“小三”与原配在签订协议时存在欺诈、胁迫等情形，导致男方在不知情或被迫的情况下“同意”了协议内容，则该协议可能被认定为无效或可撤销。
- 建议：在此情况下，男方有权向法院提起诉讼，请求确认协议无效或撤销协议。若法院认定协议存在欺诈、胁迫等情形，将依法作出相应判决。
额外提醒：
- 在处理此类复杂情感与法律交织的问题时，建议各方保持冷静与理性，通过合法途径解决争议。
- 若涉及财产分割、子女抚养等复杂问题，建议咨询专业律师，以确保各方权益得到妥善保护。
后续行动建议：
- 若男方坚持不同意协议，且协议内容确实涉及其权益，建议“小三”与原配重新审视协议内容，必要时可寻求法律途径解决争议。
- 在任何情况下，都应尊重法律与道德底线，避免采取过激或违法行为。
如有进一步疑问或需要具体法律建议，请直接向我咨询。