结论：车险人伤现场调解协议书上的金额一般不需要减去商业险赔偿的金额，但需根据具体情况确定。以下是详细分析：

1. 调解协议书的性质与目的
   调解协议书是事故双方（或一方与保险公司）就赔偿事宜达成的书面约定，其核心目的是明确赔偿金额、支付方式及责任划分。协议金额通常为双方协商后的“最终赔偿总额”，而非某一险种的赔偿限额。因此，协议金额一般已包含所有应赔项目（如医疗费、误工费、护理费等），无需单独扣除商业险赔偿部分。
   例如：若伤者总损失为10万元，交强险赔付1.8万元，商业险赔付8.2万元，则调解协议书可直接约定赔偿总额为10万元，由保险公司按险种比例支付。

2. 商业险赔偿的覆盖范围
   商业险（如第三者责任险）的赔偿金额取决于保险合同约定及事故责任比例。若调解协议书中的赔偿项目均在商业险承保范围内（如医疗费、残疾赔偿金等），则保险公司会按协议金额扣除交强险限额后，在商业险责任限额内赔付剩余部分。此时协议金额无需减去商业险赔偿，而是由保险公司内部核算分摊。
   例如：协议约定赔偿12万元，交强险赔付1.8万元后，剩余10.2万元由商业险赔付（假设商业险限额足够）。

3. 需扣除商业险赔偿的特殊情形
   若调解协议书明确约定“赔偿金额为扣除商业险后的自付部分”（如车主自愿承担部分费用），或协议金额超出保险公司核定损失（如包含非保险项目），则可能需调整。但此类情形需双方在协议中明确约定，否则默认按总损失赔偿。
   法律依据：根据《保险法》第六十五条，保险人对责任保险的被保险人给第三者造成的损害，可依照法律或合同约定直接向第三者赔偿。调解协议书作为双方合意，保险公司通常需按协议履行，除非存在欺诈、胁迫等情形。

4. 实务建议

   • 明确协议条款：在调解协议书中注明“赔偿总额为XX元，由交强险及商业险按比例赔付”，避免后续争议。
     
   • 核对保险范围：确保协议中的赔偿项目（如营养费、精神损害抚慰金）是否属于商业险承保范围，部分项目可能需车主自行承担。
     
   • 保留证据：保存医疗费发票、鉴定报告等证据，以便保险公司核损时确认协议金额的合理性。

总结：调解协议书上的金额通常为最终赔偿总额，无需单独减去商业险赔偿部分，但需注意协议条款的明确性及保险覆盖范围。如有疑问，可直接向我咨询具体案件处理方案。