针对双方签了清帐协议后发现还有二笔已付款未计入的情况，以下是从不同角度给出的分析和建议：

1. 协议效力与未计入款项的性质：

   • 清帐协议通常被视为双方对过往债权债务关系的最终确认和结算。若协议中明确表述了“双方债权债务已结清”或类似意思，且未提及存在遗漏款项，则从法律上讲，该协议对双方具有约束力。
   • 然而，若确实存在未计入的已付款项，且这些款项在协议签订前已实际支付，且支付事实有充分证据支持（如银行转账记录、收据等），则这些款项不应被协议所“清结”。

2. 可能的法律后果与应对策略：

   • 协商解决：首先，建议双方进行友好协商，明确未计入款项的事实，并尝试达成补充协议，以修正原清帐协议的遗漏。这是最为高效且成本最低的解决方式。
   • 法律诉讼：若协商无果，受损方（即未收到应有款项的一方或已多付款项的一方）可考虑通过法律途径解决。此时，需准备充分证据证明未计入款项的存在及金额，如支付凭证、沟通记录等。在诉讼过程中，法院将根据证据情况判断协议是否应被修正或撤销，并作出相应判决。
   • 注意诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。因此，若决定通过法律途径解决，需确保在诉讼时效期间内提起诉讼。

3. 预防措施与建议：

   • 在签订清帐协议前，双方应仔细核对所有相关款项，确保协议内容准确无误。可考虑聘请专业律师或财务人员协助审核。
   • 协议中应明确：若存在遗漏或错误，双方应如何协商解决或通过何种方式修正。这有助于减少未来可能出现的纠纷。
   • 保留好所有相关证据：包括支付凭证、沟通记录、协议草案等，以备不时之需。

针对您当前的情况，若发现清帐协议中遗漏了已付款项，建议您首先与对方进行友好协商，尝试达成补充协议。若协商无果，且您有充分证据支持您的主张，可考虑通过法律途径解决。 在整个过程中，务必保持冷静和理性，遵循法律程序，以维护您的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。