针对您提出的“历史遗留问题行政处罚怎么办”的问题，这确实是一个涉及法律、行政管理和实际情况的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、历史遗留问题行政处罚的背景与特点
历史遗留问题行政处罚，通常指的是因历史原因（如政策变动、管理疏漏、信息不对称等）导致的，在长时间内未得到妥善处理或解决的行政违法行为，现在面临行政处罚的情况。这类问题往往具有时间跨度长、涉及面广、责任认定复杂等特点。
二、处理原则
过罚相当原则：行政机关在作出行政处罚时，应当确保处罚的力度与违法行为的性质、情节以及社会危害程度相适应。对于历史遗留问题，不能简单地将责任全部归咎于当前的责任主体，而应综合考虑历史背景、各方责任等因素。
信赖利益保护原则：如果相对人基于对政府行为的信赖而进行了投资或建设，且这种信赖是合理的、有依据的，那么行政机关在处罚时应当考虑保护这种信赖利益，避免对相对人造成不公平的损失。
合法性与合理性并重：行政处罚既要符合法律规定，又要考虑实际情况的合理性。对于历史遗留问题，行政机关在处罚时应当更加审慎，避免机械执法。
三、具体处理步骤
调查核实：行政机关应当首先对历史遗留问题进行全面的调查核实，包括违法行为的性质、情节、时间跨度、各方责任等。
责任认定：在调查核实的基础上，行政机关应当合理认定各方责任。对于因历史原因导致的违法行为，不能简单地将责任全部归咎于当前的责任主体。
协商与补救：行政机关可以与相对人进行协商，寻求补救措施或赔偿方案。这有助于减少社会资源的浪费，同时保护相对人的合法权益。
作出处罚决定：在充分考虑全案情况、各方责任以及信赖利益保护等因素后，行政机关应当作出符合过罚相当原则的行政处罚决定。
救济途径：如果相对人对行政处罚决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
四、案例分析
以您提供的案例为例，某公司因历史遗留问题面临行政处罚。法院在审理此案时，充分考虑了全案情况，包括某公司未依法取得并完善用地审批手续的事实、某市政府及相关部门的责任、涉案项目符合土地利用总体规划的情况以及某公司对政府行为的信赖利益等。最终，法院判决撤销了一、二审判决，确认被诉处罚决定违法，并要求行政机关与相对人协商采取具体补救措施或赔偿方案。
五、建议
积极配合调查：如果面临历史遗留问题行政处罚，建议相对人积极配合行政机关的调查核实工作，提供必要的证据和资料。
寻求专业法律帮助：由于历史遗留问题行政处罚涉及复杂的法律问题和实际情况，建议相对人寻求专业法律帮助，以更好地维护自己的合法权益。
保持沟通与协商：在处理过程中，建议相对人与行政机关保持沟通与协商，寻求双方都能接受的解决方案。
综上所述，处理历史遗留问题行政处罚需要综合考虑多方面因素，确保处罚的合法性与合理性并重。希望以上解答能对您有所帮助。