针对您提出的“员工擅自变卖公司财产，且证据主要在微信上，该如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，员工擅自变卖公司财产这一行为，无疑是对公司财产权的严重侵犯，公司必须迅速且有效地应对。在处理此类问题时，微信上的证据（如交易记录、聊天记录等）是至关重要的，它们能够直接证明员工的违规行为。

一、证据收集与封存

1. 微信证据收集：您需要尽快收集并保存与员工变卖公司财产相关的所有微信聊天记录、交易截图、转账记录等。这些证据应当清晰、完整，能够真实反映员工的违规行为。
2. 证据封存：在收集到证据后，您应当将其妥善封存，避免被篡改或丢失。可以考虑将证据打印出来，并加盖公司公章或由相关负责人签字确认，以增强其证明力。

二、与员工沟通

1. 明确要求：在掌握充分证据后，您应当与涉事员工进行沟通，明确要求其归还变卖所得的财产，并对公司所遭受的损失进行赔偿。
2. 记录沟通过程：在沟通过程中，您应当记录下员工的反应和态度，以及任何可能的承诺或拒绝。这些记录可以作为后续法律行动的辅助证据。

三、法律行动

1. 解除劳动合同：如果员工拒绝配合归还财产或赔偿损失，公司有权依据《劳动合同法》等相关法律法规，解除与该员工的劳动合同。
2. 提起诉讼：公司可以向法院提起诉讼，要求员工返还财产并赔偿损失。在诉讼过程中，您需要提交之前收集的微信证据以及其他相关证据，以证明员工的违规行为和公司的损失。
3. 申请财产保全：为了防止财产持续流失，公司还可以向法院申请财产保全措施，冻结员工的银行账户或其他财产。
4. 报案追究刑事责任：如果员工的违规行为情节严重，涉嫌犯罪，公司还可以向公安机关报案，让其追究员工的刑事责任。具体的刑罚会根据情节的轻重来判定，可能会面临拘役、有期徒刑等处罚。

四、后续预防措施

1. 加强内部管理：公司应当加强内部管理，完善相关规章制度，明确员工的行为规范和责任。
2. 定期审计：定期对公司财产进行审计，及时发现并纠正任何违规行为。
3. 员工培训：加强对员工的法律意识和职业道德培训，提高他们的法律素养和道德水平。

综上所述，针对员工擅自变卖公司财产的问题，公司应当迅速收集并封存微信等关键证据，与员工进行沟通并明确要求其归还财产和赔偿损失。如果员工拒绝配合，公司有权解除劳动合同、提起诉讼、申请财产保全以及报案追究刑事责任。同时，公司还应当加强内部管理、定期审计和员工培训，以预防类似事件的再次发生。