招标文件里的合同条款及格式并非绝对必须使用，但需视具体情况和法律规定来处理。以下从不同角度为你详细分析：

从招标流程和合同构成角度

在工程招标等场景中，通用条款通常会作为招标文件的一部分提供给投标人。从合同构成的完整性角度考虑，无论是否实际执行通用条款，它都应作为合同的一个组成部分予以保留，不能仅把协议书和专用条款当作全部合同内容。这是为了确保合同条款的全面性和系统性，避免因条款缺失导致合同履行过程中出现争议时无法准确界定双方权利义务。例如，在一些大型工程项目中，通用条款可能涵盖了工程验收标准、质量保证期等通用性规定，这些规定对于明确工程基本要求和保障工程质量具有重要意义。

从合同自由和意思自治角度

根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力。这意味着在符合法律法规的前提下，合同双方当事人有较大的自由空间来协商确定合同条款。如果招标文件中的合同条款及格式不符合双方的实际需求或商业安排，双方可以在不违反法律强制性规定和公序良俗的前提下，通过协商对条款进行修改、补充或另行约定。比如，招标文件规定的付款方式可能无法满足投标人的资金周转需求，此时双方可以协商调整付款时间和比例等条款。

从法律后果角度

• 若未使用招标文件中的条款及格式但符合法律规定：如果双方协商确定的合同条款没有违反法律的强制性规定，且能够清晰明确地界定双方的权利义务，那么该合同是合法有效的，不会因为未完全采用招标文件中的条款及格式而产生法律风险。例如，双方在合同中明确约定了违约责任、争议解决方式等重要条款，且这些约定符合法律规定，那么合同的履行将受到法律保护。
• 若未使用且违反法律规定：如果双方在协商合同条款时，违反了法律的强制性规定，如免除了自身应当承担的法定责任、加重了对方的责任等，那么这些条款将被认定为无效。在这种情况下，可能会引发合同纠纷，给双方带来不必要的法律风险和经济损失。比如，招标文件中规定了工程质量必须符合国家标准，但双方在合同中约定降低质量标准，这种约定就是无效的。

法律建议

• 仔细研究招标文件：在参与招标活动时，投标人应仔细研究招标文件中的合同条款及格式，了解其中规定的权利义务和风险点。
• 积极与招标方沟通：如果对招标文件中的条款有异议或需要修改，应及时与招标方进行沟通协商，争取达成双方都能接受的合同条款。
• 确保合同合法有效：在签订合同时，要确保合同条款符合法律法规的规定，避免出现无效条款。可以咨询专业律师对合同进行审查，以确保合同的合法性和有效性。

如果你在处理招标文件合同条款相关问题时遇到疑问，欢迎直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。