针对同等金额的两张发票，一张真实、一张虚开的情况，核心处理原则是：必须立即停止使用虚开发票，并主动向税务机关说明情况，配合调查与整改，同时需承担可能的法律责任。以下从不同角度展开分析：

1. 法律责任层面

• 行政责任：根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十七条，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
  
• 刑事责任：若虚开发票行为符合《刑法》第二百零五条之一（虚开发票罪）的构成要件，即“虚开本法第二百零五条规定以外的其他发票，情节严重的”，可能面临二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
  
• 连带责任：若企业作为受票方，明知或应知发票为虚开仍接受，可能被认定为“恶意取得虚开发票”，需补缴税款、滞纳金及罚款，甚至影响企业信用评级。

2. 税务处理层面

• 主动整改：发现虚开发票后，应立即停止使用，并主动向主管税务机关报告，说明情况（如发票来源、用途、是否已入账等），配合税务机关调查。
  
• 进项税额转出：若虚开发票已用于抵扣进项税额，需在当期做进项税额转出处理，补缴相应税款及滞纳金。
  
• 证据留存：保留真实发票的完整证据链（如合同、付款凭证、物流单据等），以证明业务真实性，避免被误认为“恶意取得虚开发票”。

3. 企业合规层面

• 内部审查：排查发票来源，确认是否存在供应商管理漏洞（如未核实供应商资质、未审核发票真实性等），完善采购流程。
  
• 制度完善：建立发票审核机制，明确“三流一致”（合同流、资金流、货物流）要求，禁止接受异常发票（如开票方与业务方不一致、发票内容与实际业务不符等）。
  
• 员工培训：加强财务、采购人员对发票合规性的培训，避免因疏忽或故意接受虚开发票。

4. 实务建议

• 立即自查：核对两张发票的开具方、内容、金额是否与实际业务一致，确认虚开发票的具体情况。
  
• 咨询税务机关：主动联系主管税务机关，说明情况并咨询整改要求，避免因被动处理导致处罚加重。
  
• 法律风险评估：若虚开发票金额较大或涉及跨区域，建议委托律师评估刑事风险，制定应对方案。

总结：虚开发票行为性质严重，无论金额大小，均需严肃处理。企业应优先确保业务真实性，主动配合税务机关，完善内部合规，避免因小失大。如有具体案件细节或进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合实际情况提供针对性建议。