当您发现报关单上的合同协议号与汇款合同号不一致时，这确实可能会给退税等后续流程带来一些麻烦。不过，别担心，以下是一些详细的解决步骤，希望能帮到您：
一、核对并确认不一致原因
首先，您需要仔细核对报关单、装箱单、发票以及汇款合同上的合同号，确认它们之间不一致的具体原因。这可能是由于人为填写错误、系统录入错误或是不同环节使用了不同的合同编号导致的。
二、与海关沟通并申请修改（如适用）
确认修改条件：根据《中华人民共和国海关法》的相关规定，海关在特定情况下可以允许修改报关单。您需要确认您的报关单是否符合修改条件。
准备证明材料：如果确认是报关单上的合同号填写错误，您需要准备相关证明材料，如正确的合同复印件、情况说明等，以证明报关单上的合同号确实存在错误。
向海关申请修改：携带准备好的证明材料，向原接受申报的海关申请修改报关单。海关会对您的申请进行审核，如果审核通过，会为您修改报关单上的合同号。
三、与税务部门沟通
解释原因：与税务部门沟通，解释合同号不一致的原因。这可能是由于不同环节使用了不同的合同编号，或是由于人为或系统错误导致的。
提供证明材料：向税务部门提供相关证明材料，如修改后的报关单、正确的合同复印件等，以便税务部门核实您的退税申请。
四、重新提交退税申请
在修改报关单或取得海关和税务部门的认可后，您可以重新提交退税申请。在提交申请时，请确保附上所有必要的补充材料，如修改后的报关单、发票、装箱单等，以确保退税申请能够顺利进行。
五、联系当地主管税务机关
由于退免税申报为属地管理，不同地区的税务机关可能有不同的要求和流程。因此，建议您联系当地主管税务机关，了解具体的退税要求和流程，以确保您的退税申请能够符合当地税务机关的要求。
总之，当您发现报关单上的合同协议号与汇款合同号不一致时，不要慌张。按照上述步骤进行操作，与海关和税务部门积极沟通，提供必要的证明材料，相信您能够顺利解决这个问题。