结论前置：公司借款给员工50万，需根据借款性质、用途及公司制度等分情况处理，具体如下：

1. 若借款属于员工临时性资金周转（如应急借款）

   • 合规性要求：需签订书面借款协议，明确借款金额、期限、利息（如有）、还款方式及违约责任。根据《民法典》合同编，借款合同自双方签字时成立，口头约定可能因举证困难导致纠纷。
     
   • 税务处理：若借款利息低于同期银行贷款利率，可能被税务机关认定为“变相发放福利”，需按工资薪金代扣代缴个人所得税；若利息合理，员工需按“利息、股息、红利所得”缴纳20%个税。
     
   • 风险点：若未约定还款期限，公司可能面临员工长期拖欠的风险；若员工离职后未还款，公司需通过法律途径追讨，增加维权成本。

2. 若借款属于员工购房、购车等专项用途（如福利性借款）

   • 合规性要求：需制定内部借款制度，明确借款条件（如服务年限、职位等级）、审批流程及还款计划。根据《劳动合同法》，公司不得以借款形式变相收取押金或扣押证件，否则可能面临行政处罚。
     
   • 税务处理：若借款免息且无还款期限，可能被认定为“非货币性福利”，需并入员工工资薪金总额计征个税；若约定利息，员工需按实际利息收入缴纳个税。
     
   • 风险点：若借款金额超过员工月工资的20%（且剩余期限超过12个月），可能被认定为“非法放贷”（根据《关于办理非法放贷刑事案件若干问题的意见》），但公司对员工的小额借款通常不涉及刑事责任。

3. 若借款属于公司对员工的投资或股权关联交易（如员工持股计划）

   • 合规性要求：需签订投资协议，明确股权比例、分红规则及退出机制。根据《公司法》，公司向员工借款用于增资扩股需履行减资或股权转让程序，否则可能损害其他股东权益。
     
   • 税务处理：员工取得股权时需按“财产转让所得”缴纳个税；若公司以借款形式变相发放股权，可能被税务机关调整应纳税所得额。
     
   • 风险点：若未履行工商变更登记，员工可能无法主张股东权利；若公司破产，员工借款可能被认定为普通债权，清偿顺序劣后于职工工资。

建议行动步骤：

1. 审查公司章程及内部财务制度，确认借款是否符合规定；
   
2. 与员工签订书面协议，明确权利义务；
   
3. 咨询税务机关确认个税处理方式；
   
4. 定期跟进还款情况，保留催款记录；
   
5. 若员工拒不还款，可向法院提起民事诉讼（诉讼时效为3年）。
   

如有进一步细节（如借款用途、是否约定利息等），可继续向我咨询，我会结合具体情形为您分析。