针对您提出的“施工单位擅自停工甲方怎么做”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，当施工单位擅自停工时，甲方（即建设单位）应首先审查双方签订的施工合同，确认合同中是否明确约定了擅自停工的违约责任。如果合同中有相关条款，甲方就有权依据合同要求施工单位承担违约责任，这可能包括支付违约金、赔偿因停工造成的损失等。

接下来，甲方应尝试与施工单位进行沟通协商，了解停工的具体原因。如果停工是由于施工单位内部管理问题、资金链断裂或其他可解决的原因导致的，双方可以商议对策，如调整施工计划、提供资金支持等，以促使施工单位尽快复工。

然而，如果沟通协商无果，施工单位仍然坚持停工，甲方就需要采取更进一步的措施。此时，甲方应书面发函给施工单位，明确要求其限期复工，并阐明擅自停工构成违约以及可能承担的后果，如支付违约金、赔偿损失等。同时，甲方应保留好函件的送达凭证，以备后续法律程序使用。

如果施工单位在收到催告函后仍然不复工，且停工行为已经严重影响工程进度和合同目的的实现，甲方就有权依据法律和合同约定解除合同。在解除合同的同时，甲方可以要求施工单位承担因停工造成的所有损失，包括但不限于工期延误费用、预期利益损失等。

最后，为了保障自己的权益，甲方在处理施工单位擅自停工的问题时，应始终注意收集和保留相关证据。这些证据可能包括施工合同、催告函及其送达凭证、停工期间的现场照片或视频、因停工造成的额外费用支出凭证等。这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用。

综上所述，当施工单位擅自停工时，甲方应首先审查合同条款，然后尝试沟通协商，如果无果则发函催告，最后如果施工单位仍然不复工，甲方可以依法解除合同并要求赔偿损失。在整个过程中，甲方都应注重证据的收集和保留。