在多次结算诉讼中，通常以最后一次结算结果或双方最终确认的结算文件为准。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、以最后一次结算结果为准
在多次结算的过程中，如果每一次结算都是对之前结算的补充或修正，且双方均认可最后一次结算的结果，那么在诉讼中，法院通常会以最后一次结算的结果作为判决的依据。这是因为最后一次结算代表了双方对债权债务关系的最终确认，体现了双方的真实意思表示。
举例说明：假设甲乙双方进行了一笔交易，并进行了多次结算。第一次结算时，双方确认欠款为100万元；第二次结算时，由于部分货物退货，双方确认欠款为80万元；第三次结算时，双方又确认了部分利息和违约金，最终欠款为90万元。如果双方均认可第三次结算的结果，那么在诉讼中，法院就会以90万元作为判决的依据。
二、以双方最终确认的结算文件为准
除了最后一次结算结果外，如果双方在多次结算后，又签订了一份最终的结算文件，如结算协议、对账单等，且该文件明确记载了双方的债权债务关系，那么在诉讼中，法院也会以该文件作为判决的依据。这是因为最终的结算文件是双方对债权债务关系的书面确认，具有更高的证明力。
法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为是民事主体通过意思表示设立、变更、终止民事法律关系的行为。双方签订的结算文件，如果符合民事法律行为的构成要件，即具有法律效力，可以作为诉讼的依据。
三、特殊情况下的处理
如果多次结算存在矛盾或争议：如果多次结算的结果存在矛盾或争议，且双方无法达成一致意见，那么法院可能会根据双方提供的证据，结合交易习惯、行业惯例等因素，进行综合判断，以确定最终的债权债务关系。
如果结算文件存在瑕疵：如果最终的结算文件存在瑕疵，如签字不真实、内容不明确等，那么法院可能会根据其他证据，如交易记录、聊天记录等，来认定双方的债权债务关系。
四、法律建议
保留完整的结算记录：在进行多次结算时，建议双方保留完整的结算记录，包括每一次结算的时间、地点、参与人员、结算内容等，以便在诉讼中提供充分的证据。
签订书面的结算文件：在多次结算后，建议双方签订书面的结算文件，明确记载双方的债权债务关系，以避免后续的争议和纠纷。
及时寻求法律帮助：如果在多次结算过程中或结算后出现争议和纠纷，建议及时寻求专业的法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
在处理多次结算诉讼时，应充分考虑最后一次结算结果或双方最终确认的结算文件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。