结论：在医生不知情的情况下担任了机构负责人，可通过与机构协商、向相关行政部门投诉或通过法律途径（如提起行政诉讼或民事诉讼）来撤销该职务。以下是具体分析：

1. 与机构协商：

   • 沟通与解释：首先，医生应尝试与机构进行沟通，明确表达自己并不知情也并未同意担任该职务的意愿。
   • 协商撤销：在沟通的基础上，双方可以协商达成一致，由机构出具正式文件撤销医生的负责人职务，并公告或通知相关方。

2. 向相关行政部门投诉：

   • 确定监管部门：根据机构的性质和业务范围，确定其监管部门（如卫生健康委员会、市场监督管理局等）。
   • 提交投诉材料：向监管部门提交书面投诉材料，详细说明情况，包括医生不知情、未同意担任负责人等事实，并附上相关证据（如工作记录、通讯记录等）。
   • 等待处理结果：监管部门在收到投诉后，会进行调查核实，并根据调查结果作出相应处理，包括要求机构撤销医生的负责人职务。

3. 通过法律途径解决：

   • 行政诉讼：如果机构拒绝撤销医生的负责人职务，且监管部门未作出有效处理，医生可以考虑向人民法院提起行政诉讼，请求法院判决撤销该职务任命。
   • 民事诉讼：如果医生的名誉或权益因被错误任命为负责人而受到损害，医生还可以考虑提起民事诉讼，要求机构承担相应的民事责任（如赔偿损失、赔礼道歉等）。

行动建议：

• 在采取任何行动之前，医生应收集并保存好所有相关证据，包括与机构的沟通记录、工作记录、通讯记录等，以证明自己并不知情也并未同意担任该职务。
• 如果医生对法律程序不熟悉，可以考虑寻求专业法律人士的帮助，以确保自己的权益得到有效维护。