朋友借用公司合作协议的效力需分情况讨论，结论如下：

1. 协议通常无效的情形
   若借用行为违反法律强制性规定或公序良俗，协议一般会被认定无效。例如：

   • 违反市场准入规则：如借用有资质的建筑公司名义承接工程，违反《建筑法》对企业资质的强制性要求；
     
   • 损害第三方利益：若协议实质为非法转包、分包，或侵害公司股东、债权人利益，法院可能依据《民法典》第154条（恶意串通损害他人权益）判定无效；
     
   • 违背公序良俗：借用协议若涉及逃避监管、偷逃税款等行为，可能因违反公序良俗被否定效力。
     法律后果：协议无效后，双方需返还因协议取得的财产；无法返还的，应折价补偿。有过错方需赔偿对方损失，双方均有过错的，按过错比例担责。

2. 协议可能有效的情形
   若协议内容不违反法律强制性规定，且未损害第三方利益，可能被认定有效。例如：

   • 合法授权使用：公司明确授权朋友以公司名义签订合作协议，且协议内容符合公司经营范围；
     
   • 无资质借用但未违法：如借用公司名义开展一般经营活动，未涉及需特殊资质的领域（如建筑、医疗等）。
     关键点：需证明协议系双方真实意思表示，且未违反《民法典》第143条（民事法律行为有效要件：行为人具有相应能力、意思表示真实、不违法违规）。

3. 司法实践中的认定逻辑
   法院在审理此类案件时，会重点审查：

   • 协议实质内容：是否以“借用”之名行非法转包、分包之实；
     
   • 主体资格：朋友是否具备签订协议的合法身份（如是否为公司股东、授权代表）；
     
   • 利益分配：协议是否损害公司或其他股东利益。
     案例参考：某案中，小朱借用小李公司资质承接工程，后因利润分配诉至法院。法院认定借用协议违反《建筑法》资质管理规定，判定无效，并要求双方返还财产、按过错担责。

法律建议：

• 风险规避：不建议通过借用协议开展经营活动，可能面临协议无效、行政处罚（如罚款、吊销资质）等风险；
  
• 合法替代方案：可通过股权转让、授权委托等方式实现合作，确保行为合法合规；
  
• 争议解决：若已签订借用协议，建议立即审查协议内容，必要时咨询律师评估风险，避免损失扩大。

进一步行动：若您或朋友涉及此类协议，可提供协议文本、合作背景等细节，我将结合具体情形分析效力及风险。