公司与股东公司签订的合作协议，在符合一定条件下是有效的。以下是对此问题的详细分析：
一、协议有效的前提条件
主体适格：
- 公司与股东公司作为协议双方，必须都是依法成立并有效存续的法人实体，具备签订协议的民事行为能力。
意思表示真实：
- 协议内容应真实反映双方的意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等导致意思表示不真实的情形。
内容合法合规：
- 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害国家利益、社会公共利益及第三人的合法权益。
形式符合要求：
- 法律、行政法规规定应采用书面形式的协议，必须采用书面形式，并可能需要办理相关登记或备案手续。
不违反公司章程：
- 协议内容应与双方公司章程相符，不得违反公司章程中的强制性规定。
二、影响协议有效性的其他因素
股东权力与资格：
- 签订协议的股东需具备相应的权力和资格，确保其行为符合公司法和公司章程的规定。
公平性与合理性：
- 协议条款应公平、合理，不得存在显失公平的情况，以保障双方的合法权益。
可履行性：
- 协议应具备可履行性，即协议内容在法律和实际上都是可行的，不会因法律禁止或政策变化等原因导致无法履行。
三、特殊情况下的协议效力
- 关联交易：如果合作协议涉及关联交易，可能需要遵守公司法中关于关联交易的特殊规定，如信息披露、股东会决议等。
- 外资参与：如果其中一方为外资公司，还需考虑外资准入、外商投资企业相关法律法规等特殊要求。
四、结论与建议
综上所述，公司与股东公司签订的合作协议在符合主体适格、意思表示真实、内容合法合规、形式符合要求以及不违反公司章程等前提下是有效的。同时，还需关注股东的权力与资格、协议条款的公平性与合理性以及协议的可履行性等因素。
为确保协议的有效性，建议在签订前进行充分的法律审查，确保协议内容符合法律法规的要求，并考虑可能的特殊情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。