综合工时和特殊工时的主要区别在于，综合工时制是特殊工时制的一种具体形式，而特殊工时制是一个更广泛的概念，它还包括不定时工时制。以下是对这两者的详细解释和对比：

一、综合工时制

定义：综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊需连续作业的岗位，或受季节和自然条件限制需要集中作业的岗位，采用的以周、月、季、半年、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。

特点：

1. 周期性计算：与标准工时制（每日不超过8小时，每周不超过40小时）不同，综合计算工时工作制以更长的周期（如季度、年度）来综合计算工作时间。只要员工在整个周期内的总工作时间不超过法定标准，即视为合规。
2. 灵活性：企业可根据生产或工作需要，在周期内灵活调整员工的工作时间，实现集中工作、集中休息或轮休调休等模式。
3. 适用行业：特别适用于需要连续作业或受季节、自然条件限制的行业，如地质勘探、建筑、交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业、制盐、制糖、旅游等。

法律要求：

• 实行综合计算工时工作制必须经过劳动行政部门的审批。
• 员工的总工作时间在任何周期内均不得超过法定的标准工作时间。超出部分应被视为加班，并依法支付加班费。

二、特殊工时制

定义：特殊工时工作制是因用人单位生产特点的限制，不能实行每日工作不超过8小时、每周工作不超过40小时且每周至少休息一日标准工时制度的，按照国家有关规定实行的其他工作时间和休息办法。它包括综合计算工时工作制和不定时工作制。

特点（以不定时工作制为例）：

1. 机动性：针对因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的岗位所采用。
2. 灵活性：劳动者可以自主安排工作时间，但应当根据有关规定，采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作等方式，确保劳动者休息休假权利。
3. 适用岗位：包括对企业经营管理负有决策、指挥等领导职责的高级管理岗位；无考勤要求且劳动者可以自主安排工作时间的技术、研发、创作等岗位；需要机动作业、由劳动者根据工作需要安排工作时间的外勤、推销、长途运输等岗位。

法律要求：

• 实行特殊工时制（包括综合计算工时工作制和不定时工作制）必须经过劳动行政部门的审批。
• 确保劳动者的休息休假权利，不得因实行特殊工时制而侵犯劳动者的合法权益。

三、对比总结

1. 范围不同：综合工时制是特殊工时制的一种具体形式，而特殊工时制是一个更广泛的概念，它还包括不定时工时制。
2. 适用岗位不同：综合工时制主要适用于需要连续作业或受季节、自然条件限制的行业；而不定时工时制则主要适用于无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的岗位。
3. 计算方式不同：综合工时制以周期性综合计算工作时间；而不定时工时制则更注重工作结果的完成，对工作时间没有严格的限制。

建议：企业在实施特殊工时制（包括综合计算工时工作制和不定时工作制）时，应确保遵守相关法律法规，特别是关于工作时间、加班认定和审批程序的规定。同时，建立健全的考勤制度和加班管理制度，确保员工的合法权益得到保护。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。