法院判决退还股本金是否合法，需结合具体案情与法律规定综合判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、借款与股本金的法律性质差异
借款：
- 借款是借款人向出借人借用资金，并承诺在一定期限内返还本金及支付利息的行为。
- 借款关系受《民法典》合同编中关于借款合同的规定调整。
股本金：
- 股本金是投资者为获取公司股权而投入的资金，成为公司资本的一部分。
- 股本金投入后，投资者成为公司股东，享有股东权利，承担股东义务。
- 股本金关系受《公司法》等法律法规调整。
二、法院判决退还股本金可能的情况
合同约定或公司章程规定：
- 如果投资者与公司之间的合同或公司章程中明确规定了股本金退还的条件和程序，且法院认定这些条件已成就，那么法院判决退还股本金是合法的。
公司解散或清算：
- 在公司解散或清算时，根据《公司法》的规定，公司财产在支付清算费用、职工工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，按照股东的出资比例分配。
- 如果在此过程中，法院认定投资者有权获得股本金退还，那么判决也是合法的。
欺诈、误导或违法情形：
- 如果投资者在投入股本金时受到欺诈、误导，或者公司存在违法情形（如非法集资），投资者有权要求退还股本金。
- 法院在查明事实后，可能判决公司退还股本金。
三、法院判决退还股本金可能不合法的情况
无合法依据：
- 如果投资者与公司之间没有合同约定或公司章程规定股本金退还，且不存在公司解散、清算或欺诈、误导等情形，法院仅凭原告起诉退还借款就判决退还股本金，可能缺乏合法依据。
混淆法律关系：
- 如果原告起诉的是借款关系，但法院在审理过程中错误地将法律关系认定为股本金关系，并据此作出判决，那么该判决可能因法律关系认定错误而不合法。
四、法律建议
审查合同与章程：
- 投资者应仔细审查与公司签订的合同和公司章程，了解股本金退还的条件和程序。
收集证据：
- 如果投资者认为法院判决不合法，应收集相关证据（如合同、章程、交易记录、沟通记录等），以证明自己的主张。
寻求法律救济：
- 如果投资者对法院判决不服，可以在法定期限内提起上诉或申请再审，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设投资者A与公司B签订了一份投资协议，约定A投入股本金100万元，成为B公司股东。后因B公司经营不善，A起诉要求退还股本金。如果协议中未约定退还条件，且B公司未解散或清算，也不存在欺诈、误导等情形，那么法院判决退还股本金可能缺乏合法依据。反之，如果协议中明确约定了退还条件，且这些条件已成就，那么法院判决退还股本金就是合法的。
如有具体案情或法律问题，欢迎直接向我咨询，我将根据您的实际情况提供详细的法律建议。