在两家公司混同用工的情况下，经济补偿一般由混同用工的两公司承担连带赔偿责任，共同支付经济补偿金。以下从不同角度为您详细分析：
一、混同用工的认定
混同用工是指多家企业同时使用同一劳动者，并同时对该劳动者进行管理的一种用工方式。在这种情形下，难以分辨劳动者和哪家单位存在劳动关系，用工主体不明确。实践中，存在一些用人单位故意成立关联公司，通过关联经营及交叉、轮换、交替使用劳动者等混同用工行为，恶意规避、相互推诿劳动法律规定的用工主体责任，损害劳动者合法权益。
二、经济补偿的承担
连带赔偿责任：
- 当两家公司构成混同用工时，一旦发生劳动争议，如解除劳动合同等，法院通常会判决两家公司承担连带赔偿责任。这意味着，劳动者有权要求其中任何一家公司或两家公司共同支付经济补偿金。
- 例如，在陕西省城固县人民法院审结的一起劳动争议案中，法院判决混同用工的两公司承担连带赔偿责任，共同向劳动者支付经济补偿金。
工作年限合并计算：
- 根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释(一)》的相关规定，当劳动者在混同用工的两公司工作时，其工作年限应合并计算。这意味着，在计算经济补偿金时，应将劳动者在两公司的工作年限相加，作为计算经济补偿金的依据。
- 例如，在上述城固县法院的案例中，劳动者张某虽与甲公司签订劳动合同，但实际上甲、乙公司交叉安排张某的工作任务。当甲公司与张某协商解除劳动合同时，张某有权请求将自己在甲公司和乙公司的工作年限合并计算，并据此主张相应的经济补偿金。
三、法律建议
保留证据：
- 劳动者在遭遇混同用工时，应尽可能保留与两家公司相关的证据，如劳动合同、工资单、社保缴纳记录、工作任务安排等。这些证据将有助于证明混同用工的事实，以及劳动者在两公司的工作年限。
及时维权：
- 当劳动者与混同用工的两公司发生劳动争议时，应及时通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的合法权益。不要因担心维权难度大而放弃自己的权利。
咨询专业律师：
- 在处理混同用工相关的劳动争议时，劳动者可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。作为专业律师，我可以为您提供工伤赔偿、刑事辩护等领域的法律咨询和服务。
综上所述，两家公司混同用工时，经济补偿一般由两公司承担连带赔偿责任。劳动者在遭遇此类情况时，应保留好相关证据，及时通过法律途径维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。