当员工拒绝工伤认定时，用人单位可以按照以下步骤处理：
履行法律义务：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，用人单位在员工发生事故伤害或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，有义务向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。这是用人单位的法定责任，不得因员工拒绝而免除。
告知拒绝后果：
- 若员工拒绝配合工伤认定，用人单位应以书面形式详细告知其拒绝认定可能丧失的权益。例如，无法享受工伤医疗待遇，意味着治疗工伤的费用需自行承担；不能获得停工留薪期工资，会使员工在受伤治疗期间失去经济收入。这样的告知有助于员工理解拒绝认定的严重后果。
保留告知证据：
- 在告知员工拒绝认定的后果后，用人单位要保留好告知的相关证据，如书面告知书、送达回执等。这些证据在后续可能出现的问题中，如员工反悔或单位与员工就损失承担产生争议时，将起到重要的证明作用。
协商损失承担：
- 若因员工拒绝认定给单位造成损失，如无法从工伤保险基金获赔相应费用，单位可与员工协商，要求其承担一定责任。这种协商应基于公平、合理的原则，并尽量达成书面协议，以避免后续纠纷。
配合反悔申请：
- 需注意，若员工因自身原因拒绝认定，后续又反悔要求认定且符合条件的，单位仍需配合其申请。这是基于对员工权益的保护，也是用人单位应尽的社会责任。
此外，从员工的角度来看，如果拒绝工伤认定，可能会面临以下后果：
- 丧失工伤医疗待遇：无法享受工伤保险基金支付的医疗费用，所有治疗费用需自行承担。
- 无法获得停工留薪期工资：在受伤治疗期间，将失去经济收入，可能给生活带来困难。
- 可能影响后续工伤赔偿：如果未来需要申请工伤赔偿，可能会因未及时进行工伤认定而面临更多的困难和障碍。
作为用人单位，在处理员工拒绝工伤认定的问题时，还应考虑以下方面：
- 加强沟通与教育：与员工进行充分的沟通，解释工伤认定的必要性和重要性，以及拒绝认定可能带来的后果。同时，加强对员工的法律教育，提高其法律意识。
- 完善内部管理制度：建立健全的工伤管理制度，明确工伤认定的流程和责任，确保在发生工伤事故时能够及时、有效地进行处理。
如果遇到复杂情况或争议，建议及时咨询专业律师，以确保用人单位和员工的权益都得到妥善保护。如果有任何法律问题，也可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。