中介机构为破产企业的破产申请代理人，在一般情况下，并不直接因其代理人身份而被禁止担任该企业的管理人，但需满足一定条件且不存在利害关系等禁止情形。以下是对此问题的详细分析：

一、管理人指定的一般条件

根据《最高人民法院关于审理企业破产案件指定管理人的规定》，人民法院可以根据债务人的实际情况，在征询有关社会中介机构的意见后，指定该机构具备相关专业知识并取得执业资格的人员担任管理人。这意味着，中介机构本身如果具备相应的专业能力和执业资格，是有可能被指定为管理人的。

二、不得担任管理人的情形

然而，存在一些特定情形时，中介机构或其人员是不得担任管理人的。这些情形包括：

1. 因故意犯罪受过刑事处罚；
2. 曾被吊销相关专业执业证书；
3. 与本案有利害关系；
4. 人民法院认为不宜担任管理人的其他情形。

特别需要注意的是，如果中介机构作为破产申请代理人，与破产案件存在利害关系，那么它就不能担任该案件的管理人。利害关系可能包括与债务人、债权人有未了结的债权债务关系，或者在人民法院受理破产申请前三年内曾为债务人提供相对固定的中介服务等。

三、利害关系的具体认定

根据相关规定，社会中介机构或者个人有下列情形之一，可能影响其忠实履行管理人职责的，人民法院可以认定为企业破产法规定的利害关系：

1. 与债务人、债权人有未了结的债权债务关系；
2. 在人民法院受理破产申请前三年内，曾为债务人提供相对固定的中介服务；
3. 现在是或者在人民法院受理破产申请前三年内曾经是债务人、债权人的控股股东或者实际控制人；
4. 现在担任或者在人民法院受理破产申请前三年内曾经担任债务人、债权人的财务顾问、法律顾问；
5. 人民法院认为可能影响其忠实履行管理人职责的其他情形。

如果中介机构作为破产申请代理人，符合上述任一情形，那么它就不能被指定为管理人。

四、建议与结论

1. 中介机构在申请担任管理人前，应仔细审查自身是否存在与破产案件的利害关系。如果存在，应主动申请回避，以免引发法律纠纷和不良后果。
2. 人民法院在指定管理人时，也会严格审查中介机构或其人员的资格和条件，确保管理人能够忠实、公正地履行职责。

综上所述，中介机构为破产企业的破产申请代理人，并不直接因其代理人身份而被禁止担任该企业的管理人。但需满足一定条件，且不存在与破产案件的利害关系等禁止情形。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。