在您与个体工商户交易但欠条由经营者出具的情况下，原告应当是个体工商户营业执照上登记的经营者。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：以登记经营者为原告
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，在诉讼中，个体工商户以营业执照上登记的经营者为当事人。这意味着，当您与个体工商户发生交易并持有由经营者出具的欠条时，若需通过法律途径解决纠纷，您应当将营业执照上登记的经营者作为原告提起诉讼。例如，若您与“XX商店”（个体工商户）发生交易，且欠条由该商店的登记经营者张三出具，那么在起诉时，您应当将张三作为原告。
二、特殊情况：字号与实际经营者不一致时的处理
有字号的个体工商户：
- 若个体工商户有字号，且营业执照上登记的经营者与实际经营者不一致，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五十九条的规定，您可以以营业执照上登记的字号为当事人，但应同时注明该字号经营者的基本信息。同时，为了充分保护您的权益，您也可以将登记的经营者和实际经营者列为共同被告。例如，“XX服装店”虽登记张三为经营者，但实际由李四经营，若欠下您货款，您可将张三和李四列为共同被告，并注明“XX服装店”的信息。
未经依法登记领取营业执照的个体工商户：
- 若个体工商户未经依法登记领取营业执照即以个体工商户名义进行民事活动，根据同一司法解释的第六十二条，您应以实际经营者为被告。这是因为此类经营行为在法律上存在瑕疵，需明确责任主体以保障您的权益。例如，赵六未办理营业执照即开始营业的小吃店欠下您货款，您在起诉时应以实际经营者赵六为被告。
三、法律建议与注意事项
核对营业执照信息：
- 在起诉前，请务必核对个体工商户的营业执照信息，确保您起诉的对象准确无误。这有助于避免因起诉对象错误而导致的诉讼风险。
保留相关证据：
- 请妥善保管与交易相关的所有证据，包括欠条、交易记录、沟通记录等。这些证据将在诉讼中起到关键作用，有助于证明您的债权和对方的债务。
咨询专业律师（此条虽为常规建议，但在此作为法律程序中的一般性提醒）：
- 虽然我作为李远祥律师已经给出了详细的法律分析，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在起诉前或诉讼过程中，若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。
综上所述，在您与个体工商户交易但欠条由经营者出具的情况下，原告应当是个体工商户营业执照上登记的经营者。但请根据实际情况调整起诉对象，必要时将实际经营者列为共同被告。希望这些建议能对您有所帮助。如有任何法律问题，请直接向我咨询。