公司使用基本户偿还法人款项是否违法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
1. 若款项性质合法且程序合规
- 不违法情形：若公司通过基本户偿还法人的款项属于合法债务（如法人向公司提供的借款、垫付款项等），且还款程序符合公司财务制度及法律法规（如经过股东会或董事会决议、履行了内部审批流程等），则该行为不违法。
- 法律依据：根据《公司法》及相关财务规定，公司有权使用其账户资金偿还合法债务，但需确保资金用途合法、程序合规。
2. 若款项性质非法或程序违规
- 违法情形：
- 挪用资金：若法人利用职务便利，将公司资金用于个人用途（如偿还个人债务、投资个人项目等），且未经过合法程序审批，可能构成挪用资金罪。
- 抽逃出资：若法人通过虚假交易、虚构债务等方式，将公司资金转移至个人账户，以逃避出资义务或损害公司利益，可能构成抽逃出资。
- 违反财务制度：若公司未建立完善的财务制度，或还款行为未经过内部审批，可能违反公司财务管理规定，面临行政处罚或民事责任。
- 法律后果：根据《刑法》及相关司法解释，挪用资金罪可处三年以下有期徒刑或拘役；抽逃出资可能面临罚款、责令改正等行政处罚，情节严重的可能构成犯罪。
3. 特殊情形：关联交易
- 关联交易定义：若法人与公司之间存在关联关系（如法人同时是公司股东、董事等），且还款行为属于关联交易，则需遵守《公司法》关于关联交易的规定。
- 合规要求：关联交易需经过股东会或董事会决议，确保交易价格公允、程序透明，否则可能因损害公司利益而无效，甚至面临法律责任。
法律建议
- 完善财务制度：公司应建立完善的财务制度，明确资金使用范围、审批流程及责任追究机制，确保还款行为合法合规。
- 履行审批程序：还款前需经过股东会或董事会决议，并保留相关会议记录及审批文件，以备查验。
- 避免关联交易风险：若涉及关联交易，需确保交易价格公允、程序透明，并履行信息披露义务。
- 咨询专业律师：若对还款行为的合法性存在疑虑，建议及时咨询专业律师，避免法律风险。
总结：公司使用基本户偿还法人款项是否违法，需结合款项性质、程序合规性及关联交易等因素综合判断。建议公司严格遵守财务制度及法律法规，确保还款行为合法合规。如有疑问，可直接向我咨询。