当股权合同被认定无效后，针对股权变更的处理，我们需要遵循一系列法律原则和程序来确保权益的妥善处理。以下是对此问题的详细解答：
一、明确合同无效的法律后果
首先，要明确的是，一旦股权合同被认定无效，该合同自始就没有法律约束力。这意味着，基于该合同所进行的所有交易和变更，包括股权变更，在法律上都是不被认可的。
二、处理股权变更的具体步骤
返还财产：
- 双方应相互返还因无效合同取得的财产。具体来说，受让方需将股权返还给出让方，而出让方则需把已收取的股权转让款返还给受让方。
- 若股权已发生变更登记，双方需共同向工商登记机关申请撤销该变更登记，使股权恢复到协议签署前的状态。这一过程中，需要提交判决书等法律文件作为支撑。
折价补偿：
- 在某些情况下，如股权已被善意第三人取得无法返还时，应按所取得财产的价值进行折价补偿。这通常需要通过专业评估来确定股权的当前价值。
赔偿损失：
- 若因合同无效导致一方遭受损失，有过错的一方应赔偿对方因此遭受的损失。这包括直接损失（如为签订和履行合同支付的费用）和间接损失（如因合同无效导致的机会成本损失）。
- 若双方都有过错，则各自承担相应责任。
收缴财产：
- 若双方恶意串通，损害国家、集体或第三人利益，因此取得的财产应收归国家所有或返还集体、第三人。这是法律对恶意行为的严厉制裁。
三、执行流程与强制执行
履行判决义务：
- 判决股权协议无效后，当事人需在规定期限内履行判决确定的义务，如返还股权、支付相应款项等。
申请强制执行：
- 若一方不履行判决义务，另一方有权在两年内向法院申请强制执行。申请时需提交强制执行申请书、生效判决书等相关材料。
- 法院受理后，会向被执行人发出执行通知，责令其限期履行。若被执行人拒不履行，法院有权采取多种执行措施，如查询、冻结、划拨其银行存款，查封、扣押、拍卖其财产等。
四、其他注意事项
- 公司决策效力：若在股权协议无效前，公司基于该协议进行了一些重大决策，这些决策的效力可能需要根据具体情况进行认定。一般来说，如果决策本身不违反法律法规且对公司有益，可能会被视为有效；但如果决策直接依赖于无效的股权协议，则可能需要重新评估。
- 股东纠纷解决：因股权协议无效引发的股东之间的纠纷，应通过合理合法的途径解决，如协商、调解或诉讼等。避免矛盾进一步激化，维护公司的稳定和股东的合法权益。
综上所述，当股权合同被认定无效后，针对股权变更的处理需要遵循返还财产、折价补偿、赔偿损失和收缴财产等原则，并通过法律途径确保判决的履行和执行。同时，也需要注意处理由此引发的其他问题，如公司决策效力和股东纠纷解决等。