主合同原则上继续有效，但需根据无效变更协议的具体内容及影响分情况处理。具体分析如下：

1. 若变更协议无效不影响主合同核心条款效力
   根据《民法典》第156条，民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。例如：主合同约定“甲向乙供货，价款100万元”，双方签订变更协议将价款改为120万元，但变更协议因未履行法定审批程序无效。此时主合同中关于供货义务、付款方式、违约责任等核心条款仍有效，仅价款条款恢复至100万元（需结合双方交易习惯、市场价等综合判断是否需调整）。

2. 若变更协议无效导致主合同履行基础丧失
   若变更协议涉及主合同核心条款（如标的物变更、履行期限重大调整等），且该变更已实际履行或双方形成依赖，则可能触发合同解除或终止。例如：主合同约定“甲于2023年1月1日向乙交付A设备”，变更协议约定“交付时间改为2024年1月1日”，但变更协议因欺诈无效。若乙已为接收设备调整生产计划并产生损失，可能主张甲构成预期违约，要求解除合同并赔偿损失。

3. 若变更协议无效引发返还或赔偿责任
   根据《民法典》第157条，无效的民事法律行为，行为人因该行为取得的财产应当返还；不能返还或没必要返还的，应折价补偿；有过错的一方需赔偿对方损失。例如：变更协议约定“甲向乙支付50万元预付款后，乙负责办理许可证”，但变更协议因乙无资质无效。此时甲有权要求乙返还50万元，若乙已用该款部分履行义务（如提交申请材料），可能需折价补偿；若甲明知乙无资质仍签约，双方需按过错比例分担损失。

实务建议：

• 立即固定主合同及变更协议的原始文本、履行证据（如付款记录、交付凭证等）；
  
• 评估变更协议无效对主合同履行的实际影响（如是否导致合同目的落空）；
  
• 根据过错程度、损失范围等与对方协商解决方案，或通过诉讼/仲裁主张权利。
  

如有具体合同文本或履行细节，可进一步向我说明，我会结合条款内容提供针对性分析。