未经公司盖章确认的签证单是否有效，需视具体情况及法院的认定而定，无法一概而论。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律及司法解释的空白
目前，相关法律以及最高院司法解释并未对未经公司盖章确认的签证单效力作出明确规定。这意味着，在判断此类签证单是否有效时，法院需要依据其他法律原则和司法实践经验进行认定。
二、各地法院的认定方法
北京高院：
- 若当事人在施工合同中明确约定了有权对工程量和价款洽商变更等材料进行签证确认的具体人员，则依照约定执行。除法定代表人外，其他人员所作的签证确认对当事人不具有约束力，但相对方有理由相信该签证人员有代理权的除外。
- 若没有约定或约定不明，当事人工作人员所作的签证确认是其职务行为的，对该当事人具有约束力，但该当事人有证据证明相对方知道或应当知道该签证人员没有代理权的除外。
- 工程监理人员在监理过程中签字确认的签证文件，涉及工程量、工期及工程质量等事实的，原则上对发包人具有约束力；涉及工程价款洽商变更等经济决策的，原则上对发包人不具有约束力，但施工合同对监理人员的授权另有约定的除外。
福建高院：
- 双方当事人对有权进行工程量和价款等予以签证、确认的具体人员有约定的，除该具体人员及法定代表人外，他人对工程量和价款等所作的签证、确认不能作为工程价款的结算依据。
- 没有约定的，发包人应对其工作人员的职务行为承担民事责任，但发包人有证据证明承包人明知该工作人员无相应权限的，该工作人员签证的内容对发包人不发生法律效力。
浙江高院：
- 除法定代表人和约定明确授权的人员外，其他人员对工程量和价款等所作的签证、确认，不具有法律效力。
- 没有约定明确授权的，法定代表人、项目经理、现场负责人的签证、确认具有法律效力；其他人员的签证、确认，对发包人不具有法律效力，除非承包人举证证明该人员确有相应权限。
三、法律建议与可能后果
法律建议：
- 在签订施工合同时，应明确约定有权对工程量和价款洽商变更等材料进行签证确认的具体人员，以避免后续争议。
- 对于未经公司盖章确认的签证单，应谨慎对待，并尽可能收集相关证据证明签证人员的权限或相对方的合理信赖。
可能后果：
- 若法院认定未经公司盖章确认的签证单有效，则可能对公司产生不利的法律后果，如需承担额外的工程价款或工期延误责任等。
- 若法院认定无效，则可能对公司有利，但也可能引发相对方的索赔或争议。
总结来看，未经公司盖章确认的签证单是否有效，需根据具体情况及法院的认定而定。在处理此类问题时，建议公司咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。