在刑事立案阶段，当事人和证人笔录不能印证时，法庭将依据相关法律规定和证据规则进行综合判断。

一. 分析笔录不能印证的情况

在刑事案件中，笔录是证据的重要组成部分，包括当事人的供述和证人的证言。当笔录之间不能相互印证时，可能存在以下情况：

1. 当事人供述与证人证言存在矛盾：例如，当事人否认犯罪，而证人则指证其有罪。
2. 不同证人之间的证言存在不一致：多个证人就同一事实提供了不同的描述。

这些情况都可能对案件的定性和处理产生影响。

二. 法律依据与证据规则

1. 《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十条规定：证据必须经过查证属实，才能作为定案的根据。这意味着，笔录作为证据，其真实性和可靠性必须经过法庭的严格审查。
2. 《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条规定：对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。这表明，在刑事案件中，不能仅凭单一证据定案，必须综合全案证据进行判断。

三. 处理建议

1. 进一步收集证据：法庭会要求办案机关进一步收集其他证据，如物证、书证、鉴定意见等，以综合判断案件事实。
2. 审查笔录的真实性和合法性：法庭会审查笔录的制作过程是否符合法定程序，以及笔录内容是否真实反映了当事人的陈述和证人的证言。如果发现存在非法取证或笔录内容不实的情况，将依法排除相关证据。
3. 结合其他证据进行判断：在笔录不能相互印证的情况下，法庭会结合其他证据进行综合判断。如果其他证据能够相互印证，形成完整的证据链，那么即使笔录之间存在矛盾，也不妨碍对案件事实的认定。

四. 总结

当刑事立案阶段当事人和证人笔录不能印证时，法庭不会仅凭笔录内容定案。相反，法庭会依据相关法律规定和证据规则，进一步收集证据、审查笔录的真实性和合法性，并结合其他证据进行综合判断。我建议当事人和证人应如实陈述事实，积极配合办案机关的调查取证工作，以确保案件的公正处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。