当行政处罚案件被撤销后，关于已缴纳罚款的退还问题，这确实是一个涉及法律程序和权益保障的重要环节。以下是我为您详细梳理的解答：

一、法律依据

根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，特别是第七十五条，它明确指出：“行政机关实施行政处罚应当接受社会监督。公民、法人或者其他组织对行政机关实施行政处罚的行为，有权申诉或者检举；行政机关应当认真审查，发现有错误的，应当主动改正。”这一条款为行政处罚被撤销后罚款的退还提供了法律基础。也就是说，如果行政处罚存在错误并被依法撤销，行政机关有义务纠正其错误行为，这自然包括退还已缴纳的罚款。

二、处理流程

1. 申请退款：

   • 当事人在得知行政处罚被撤销后，应及时向作出处罚决定的行政机关提出退款申请。
   • 申请时，需提供相关的证明材料，如行政处罚决定书、缴纳罚款的凭证等，以证明罚款已经缴纳且行政处罚已被撤销。

2. 审核与决定：

   • 行政机关在收到退款申请后，会对申请材料进行审核。
   • 审核过程中，行政机关会确认行政处罚是否确实已被撤销，以及罚款是否已经缴纳。
   • 如果审核通过，行政机关会作出退还罚款的决定。

3. 执行退款：

   • 行政机关会按照规定的程序和时间节点，将已缴纳的罚款退还给当事人。
   • 退款方式可能因地区和行政机关的不同而有所差异，但通常会通过银行转账等安全、便捷的方式进行。

三、注意事项

1. 及时申请：当事人在得知行政处罚被撤销后，应尽快提出退款申请，以免错过退款期限或因时间拖延导致退款流程复杂化。

2. 保留证据：在整个退款过程中，当事人应妥善保管好相关证据材料，如行政处罚决定书、缴纳罚款的凭证、退款申请及回复等，以备不时之需。

3. 法律救济途径：如果行政机关拒绝退还罚款或拖延退款时间，当事人可以通过行政复议、行政诉讼等法律途径维护自己的合法权益。这些途径为当事人提供了有效的法律保障，确保其权益不受侵害。

综上所述，当行政处罚案件被撤销后，已缴纳的罚款应当予以退还。当事人应及时向作出处罚决定的行政机关提出退款申请，并按照规定的流程进行操作。同时，保留好相关证据材料，并在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。