结论：合同支付是否可以打款给分支机构，需结合合同约定、分支机构授权及法律性质综合判断，具体分以下情况：

1. 合同明确约定可支付至分支机构账户

• 若合同中已明确约定“付款方应将款项支付至合同相对方指定的分支机构账户”，则该支付方式具有合同依据，付款方无需承担违约责任。
• 法律依据：根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，当事人应按约定履行义务。
• 建议：签订合同时，若需通过分支机构收款，应在合同中明确账户信息（如开户行、账号、分支机构名称），避免后续争议。

2. 合同未约定，但分支机构获合法授权

• 若合同未明确支付方式，但分支机构能提供总公司的书面授权文件（如授权委托书、付款指示函等），证明其有权代收款项，则支付行为合法有效。
• 风险提示：若分支机构未获授权，付款方可能面临“未履行合同义务”的违约风险，需承担继续付款、赔偿损失等责任。
• 建议：付款前要求分支机构提供总公司授权证明，并留存复印件作为证据。

3. 分支机构具有独立法人资格

• 若分支机构为独立法人（如子公司），则其与总公司为不同法律主体，合同相对方应为分支机构本身，而非总公司。此时支付至分支机构账户符合合同相对性原则。
• 关键点：需核实分支机构的营业执照，确认其是否为独立法人（如“有限责任公司分公司”通常非独立法人，“有限责任公司”为独立法人）。

4. 合同未约定且无授权，但实际履行中形成交易习惯

• 若双方长期通过分支机构账户结算，且未提出异议，可能构成《民法典》第140条规定的“沉默视为同意”，形成交易习惯。但此情形风险较高，易引发纠纷。
• 建议：避免依赖交易习惯，优先通过书面协议明确支付方式。

实务操作建议

1. 审查合同条款：确认是否有支付账户的明确约定。
2. 核实授权文件：要求分支机构提供总公司授权证明。
3. 留存证据：保存付款凭证、授权文件、沟通记录等，以备纠纷时举证。
4. 谨慎对待独立法人分支机构：若分支机构为独立法人，需直接与其签订合同。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体合同条款和案件事实为您详细分析。